Пока подготовка академии к ее открытию шла полным ходом, из-за разногласий с императором по вопросам сельскохозяйственной политики в условиях отмены крепостного права, министр М. Н. Муравьев был вынужден покинуть министерство. Новым министром государственных имуществ стал А. А. Зеленой, который находился на этой должности до 1872 года. Он делал ставку на развитие среднего сельскохозяйственного образования, считаяя земледельческие училища главным типом сельскохозяйственных учебных заведений. Зеленой считал, что поскольку селу требовалось значительное число приказчиков и управителей имениями именно сельскохозяйственные училища смогут решить эту кадровую задачу. В этот период были открыты трехлетние земледельческие училища в Казани и Саратове, а учебные фермы при Горыгорецком и Харьковском училищах переведены на трехлетний срок обучения вместо четырехлетнего.
В 60—70-е годы XIX века ряд специалистов выдвигал предложения по реформированию отечественного сельскохозяйственного образования. Одним из них был ученый-агроном А. С. Ермолов, который предложил свою концепцию высшего сельскохозяйственного образования, отдавая предпочтение профильным сельскохозяйственным вузам.
27 октября 1865 года император Александр II утвердил устав и штат Петровской земледельческой и лесной академии. Для первоначального обзаведения нового вуза Государственное казначейство единовременно выделило 10 тыс. рублей. Общая стоимость устройства Петровской академии, включая покупку имения, выразилась цифрой в 1007083 рубля. Ежегодно из Государственного казначейства на содержание вуза ассигновалось 134980 рублей. Кроме того, поступали доходы с имения и за посещение лекций.
Привлекательно место расположения академии – имение Петровско-Разумовское в получасе езды от центра Москвы. Главное здание вуза называют дворцом. Причем обветшавший дворец имения Разумовских был разобран, и на его месте по проекту архитектора Николая Леонтьевича Бенуа (1813—1898) архитектором П. С. Кампиони был построен главный учебный корпус в стиле барокко. Его украшают часовая башня и уникальные выпуклые стекла, привезенные из Финляндии, которые сохранились до наших дней. Главное здание возвышается на пригорке, с которого открывается живописный вид на правильно распланированные поля. Большие, с выпуклыми стеклами, окна и двери с балконами пропускают массу света в изящные аудитории, кабинеты, библиотеку и залы. Окна круглого