Следствие по этому делу было поручено славившемуся принципиальностью и честностью блестящему юристу А. Ф. Кони (при дворе его недолюбливали из-за дела Веры Засулич: Кони был председателем на суде и допустил ее оправдания). Проведя тщательное расследование А. Ф. Кони пришел к заключению, что причина крушения «представляет сплошное неисполнение всеми своего долга»84 (современный уголовный кодекс квалифицировал бы это как «преступную халатность»). Он решил, что привлечь к суду непосредственно виновных крушения – машинистов, Кроненберга и Кованько, было бы неправильно. Кони замахнулся на высших лиц – Таубе, Шернваля, Черевина, Посьет. Кроме того, он считал необходимым отдать под суд и членов правления Курско-Харьковско-Азовской железной дороги – за хищение и за то, что довели дорогу до опасного состояния.
Привлечь к суду персонал такого ранга было делом беспрецедентным. В железнодорожном ведомстве прочно укоренилась положение, согласно которой любую ответственность за аварии несли железнодорожные служащие, но ни как не собственники дорог, какие бы злоупотребления за ними не водились. Власть имущие держали оборону нападением. Против Кони стали вести подкопы. Победоносцев докладывал императору, что Кони несет «вредное и разрушительное для православной церкви направление»85, выразившееся в уважительном отношении адвоката к другим вероисповеданиям (кроме, изуверски). Но и случай оказался из ряда вон выходящий, под угрозой оказались государь и наследник. К следствию были привлечены и уволены в отставку министр путей сообщения адмирал К. Н. Посьет, главный инспектор железных дорог барон Шернваль, инспектор императорских поездов барон А. Ф. Трубе, управляющий Курско-Харьковско-Азовской железной дорогой инженер В. А. Кованько и ряд других лиц. Но к суду никто привлечен не был, поскольку главных высокопоставленных виновных, Посьет и Шернваля, дворянский корпоратив, используя процедуру привода к суду только через согласие Государственного совета и департамента гражданских и духовных лиц, отклонил. А предавать суду не высокопоставленных лиц было слишком необъективно. Кони дал согласие, и император издал милостивый манифест. На этом дело о крушении закончилось. Позже на месте крушения в память об этом событии были воздвигнуты храм Христа Спасителя и часовня Нерукотворного Спаса.
Несмотря