В законодательной и судебной сферах, текущем управлении гражданскими и военными делами государь делил власть с Боярской думой и верхушкой служилого сословия – Государевым двором. Совещательная роль принадлежала высшим иерархам Русской церкви. Механизм управления осуществлялся силами приказной бюрократии. В отличие от бояр и церковных владык она не претендовала на самостоятельную роль, однако нельзя было не считаться с ее выдающимися представителями (И. М. Висковатовым, братьями Щелкаловыми) и с ролью дьяков и подьячих как корпорации исполнителей.
С середины XVI века встречаются упоминания о соборах, которые в литературе принято именовать земскими соборами. Некогда этим временным органам власти в историографии придавалось большое значение. В них стремились видеть институты общественного представительства, характеризующие политический строй России XVI–XVII веков как сословно-представительную монархию. В действительности вплоть до собора 1598 года, вынужденного решать коренной для российской государственности вопрос о престолонаследии, все предшествовавшие ему соборы политической роли не играли. Это были совещания монарха с представителями разных социальных групп («чинов»), служившие в основном для одобрения принятых верховной властью решений.
Помимо того что царская власть встречала ограничения «наверху», в элите, в силу слабости административного аппарата она не могла контролировать и основную массу населения, располагавшуюся «внизу». Поэтому многие функции управления были переданы самому населению. Следствие, суд (частично), сбор налогов и пошлин, организация несения повинностей находились со второй половины XVI века в ведении губных, земских и слободских старост и целовальников, избираемых местным населением. Земское самоуправление представляло одно из латентных ограничений самодержавной власти. Оно не претендовало на самостоятельность, действуя в соответствии с монаршей волей. «Государево» и «земское» дело существовали нераздельно и параллельно, подчиняя интересы «мира» задачам государственной политики. При этом жалобы земских старост на обнищание являлись средством коммуникации в отношениях между монархом и основной массой населения и приводили к принятию решений. Иной формой взаимодействия можно считать саботаж, вызывавший угрозу наказаний и их применение по отношению к лицам, отвечавшим за сбор налогов и пошлин.
Таким образом, самодержавие ограничивалось традицией соправительства с монархом разных политических сил, наличием административного аппарата и механизмов самоуправления, являвшихся следствием неразвитости этого аппарата. Исключением является период опричнины и послеопричные