После захвата в 1475 году турецкими войсками южного и юго-восточного побережья Крымского полуострова город был переименован в Керчь. Входил в состав Кефинского санджака (региона) Османской империи. Во время существования Крымского ханства храм был переоборудован в мечеть. Стенные росписи в церкви были соскоблены и покрыты толстым слоем штукатурки.
К моменту присоединения Крыма к России церковь находилась в запущенном состоянии. Фундамент постепенно ушёл под землю из-за нарастающего со временем культурного слоя почвы, так что для входа в храм соорудили лестницу в восемь ступеней. В 1834 году был разобран нартекс с западной стеной и пристроен трехнефный притвор в псевдовизантийском стиле. В 1845 году к церкви пристроили еще двухъярусную колокольню, а позже северный притвор (по проекту архитектора Александра Дигби), освящённый в честь Святителя Николая архиепископа Мир Ликийского. В эти же годы строители, занимающиеся реконструкцией, обнаружили под куполом фрески – изображение двух святых, которые, по мнению историка Игоря Грабаря, могли быть написаны в период правления в Керчи учениками Феофана Грека в период генуэзского правления.
12 (24) мая 1855 года англо-французский флот из 57 кораблей, 11 плавбатарей и нескольких десятков мелких судов вошёл в Керченский пролив. На его борту находилось 16-тысячное войско. Противник занял Керчь. Английские войска разрушили и разграбили город. Были вывезены античные находки. Были сожжены казённые и частные дома. По результатам Парижского мирного договора Россия лишалась флота на Чёрном море. Для обороны Керченского пролива под руководством Тотлебена с 1856 года и вплоть до 1872 года была сооружена мощная Керченская крепость
За годы существования храм основательно ушёл под землю – вокруг него наросли пласты земли; кроме того, при сооружении крепости храм окружили валы. В 1892 году северная пристройка была переделана в придел, освящённый 13 (25) ноября 1893 года во имя Николая Чудотворца и святой Великомученицы Екатерины. 8 января 1896 года в Императорскую археологическую комиссию поступил запрос на разрешение перестройки части храма, и разрешение было выдано, но лишь на работы по переустройству новой части, пристроенной к храму в XIX веке, а древнюю часть комиссия не разрешала перестраивать. В 1896 году придел был расширен за счёт полукруглых выступов и тамбура по проекту А. И. Карапетова.
Храм Иоанна Предтечи
В начале XX века, вплоть до 30 -х годов церковь Иоанна Предтечи была местом паломничества православных христиан Керчи и её окрестностей. Алтарь храма был украшен резным позолоченным иконостасом XVIII века. В центральной аспиде находился престол во имя покровителя церкви Иоанна Предтечи, в правом – престол во имя святой Екатерины, а в западном располагался жертвенник.
В 30-х годах XX века храм был закрыт. Официальная