Война на короткое время заставила оставить противоречия в среде историков. Перестройка на «военные рельсы» исторической науки наглядно демонстрирует деятельность Института истории АН СССР. В качестве приоритетных были намечены две задачи: концентрация усилий на разгроме врага и воспитание советского патриотизма. Исследования велись в следующих направлениях:
1. Проблемы, связанные с разоблачением фашизма. 2. Проблемы, посвященные героическому прошлому нашей страны. 3. Проблемы, посвященные истории русской культуры. 4. Проблемы, посвященные истории славянских стран. 5. Проблемы, связанные с разъяснением роли антигитлеровской коалиции и отдельных ее участников как наших союзников и друзей по осуществлению исторической задачи разгрома гитлеровской Германии.
Естественный рост патриотических настроений в годы войны стал питательной почвой для все более решительного поворота исторической науки в сторону патриотизма и своеобразного национал-большевизма. 31 марта 1944 года в Управлении агитации и пропаганды ЦК ВКП(б) прошло совещание, посвященное положению на идеологическом фронте. Несмотря на высокую интенсивность идеологической работы, было признано, что сделано недостаточно. Начальник Управления агитации и пропаганды ЦК ВКП(б) Г. Ф. Александров обозначил организационные планы на будущее. В частности, он предлагал организовать Академию общественных наук для подготовки кадров. В этот же день Александров отправил письмо на имя начальника Главного политического управления РККА А. С. Щербакова с подробными предложениями по улучшению пропагандистской работы. Заметное место в нем уделялось вопросам исторической науки и преподаванию истории в вузах. Признавалось, что преподаватели недостаточно освещают студентам героическое прошлое Родины. Среди некоторых преподавателей «появилась в последнее время тенденция поменьше говорить о классовой борьбе в истории СССР и рассматривать деятельность всех царей, как деятельность прогрессивную». Некоторые из них, утверждалось в письме, увлеклись буржуазной историографией и игнорируют марксистскую.
Несмотря на это, в военное время произошло относительное ослабление идеологического давления на историческую науку в том смысле, что быстрое изменение идеологии еще накануне войны, поворот к традиционным ценностям, который тем не менее не отменял коммунистической риторики, привели к некоторой идеологической неопределенности. Многие историки по-своему трактовали сложившуюся ситуацию. Например, Е. В. Тарле прочел лекцию, в которой утверждал, что нельзя рассматривать завоевания Российской империи с негативной точки зрения, поскольку именно большая территория, приобретенная в ходе экспансии, теперь позволяет успешно воевать Советскому государству.