Подразделения АК в тыловых районах стали оказывать вооруженное сопротивление Красной армии и войскам НКВД, осуществлять акты диверсий. По данным органов военной контрразведки «Смерш», с октября 1944 г. усилились вооруженные нападения именно на армейские подразделения Красной армии. Всего в августе – начале ноября 1944 г. бойцами АК было совершено пятьдесят актов террора, в результате которых погибли 184 офицера и солдата Красной армии, 78 были ранены.
Ответные меры советских властей не заставили себя ждать. Оперативно сформированная сводная стрелковая дивизия войск НКВД под командованием генерал-майора Б. Серебрякова при содействии органов военной контрразведки «Смерш», НКВД, НКГБ, военной контрразведки Войска Польского развернула операции по разоружению частей и подразделений АК. В тыловой зоне наступавшей Красной армии начались аресты руководителей и солдат АК. С июля до середины ноября сорок четвёртого года в Белостокском воеводстве и Бяло-Подлясском уезде было арестовано и отправлено эшелонами в лагеря НКВД 2044 офицера и солдата АК, из Люблинского воеводства – 2210 человек.
В секретном донесении заместителя наркома внутренних дел СССР И.А. Серова и командующего войсками 3‐го Белорусского фронта генерала И.Д. Черняховского наркому внутренних дел СССР Л.П. Берии от 18 июля 1944 г. сообщалось о том, что 17 июля в ходе операции по разоружению солдат и офицеров так называемой Польской Армии Крайовой в районе Вильно были разоружены и задержаны командующий Виленским округом АК подполковник Кржешевский (псевдоним «Людвиг») и командующий Новогрудским военным округом АК полковник Шидловский (псевдоним «Полищук»). С ними были задержаны 26 офицеров АК, из них 9 командиров бригад, 12 командиров отрядов и 5 штабных офицеров. После прочёсывания лесов вокруг Вильно обезоружены и задержаны 3500 человек, из них 200 офицеров. Изъято 3000 винтовок, 300 автоматов, 50 пулемётов, 15 миномётов, 7 лёгких орудий, 12 автомашин и большое количество боеприпасов.
Аресты продолжались и в дальнейшем. В марте 1945 г. был арестован бригадный генерал Л.Б. Окулицкий, командующий АК, приказом которого от 19 января 1945 г. Армия Крайова распускалась, а ее солдаты и офицеры освобождались от данной ими присяги.
Таким образом, решение советского руководства о ликвидации АК основывалось на военно-политических интересах. АК, не воевавшая с общим врагом, гитлеровскими войсками, а использовавшаяся в тылу Красной армии в целях захвата политической власти, да еще вступившая в открытые боевые столкновения с советскими войсками и частями НКВД, была обречена. Противостояние частям Красной армии на освобожденных от гитлеровцев территориях Польши в 1944 г. стало смертным приговором для Армии Крайовой.
Между тем на территории Виленского края и в самом Вильнюсе после формального