После короткого флирта с режимом Гамаля Абдель Насера представители «Братьев-мусульман» организовали неудачное покушение на популярного президента. Организация была запрещена, а ее активисты оказались в концлагерях вместе с коммунистами, проамериканскими либералами и другими оппозиционерами. Многие «Братья-мусульмане» были подвергнуты пыткам, некоторые казнены.
Сейид Кутб, теоретик «Братьев-мусульман», разработал в концлагере идею джихада против правителей мусульманских стран и «неверного» Запада. По его мнению, правители мусульманских стран на самом деле были агентами Запада, а не мусульманами, поэтому против них можно было восставать. Кутб был повешен в насеровской тюрьме в 1966 году. А его идеи вдохновили крайних экстремистов вроде Аймана аль-Завахири, который стал главным помощником Усамы бен Ладена в организации «Аль-Каида», а также слепого шейха Омара Абдель Рахмана, благословившего террористов на взрыв Всемирного торгового центра в Нью-Йорке в 1993 году. Идеи Кутба подхватили экстремисты и террористы во всем мусульманском мире.
Организация была фактически реабилитирована после прихода к власти президента Анвара Садата в 1971 году. Но, страшась ее силы, и Садат, и сменивший его президент Мубарак держали «Братьев-мусульман» на полулегальном положении. Само руководство заявляло о своем несогласии с действиями экстремистов. Но в отколовшихся от них группировках собрались люди, готовые на теракты. Именно представители одной из них организовали убийство президента Садата. Именно они участвовали в убийствах как представителей власти, так и иностранных туристов и иностранных граждан в Египте. Нападения на туристов, подрывавшие эту отрасль экономики, с которой связана работа нескольких миллионов египтян, лишили экстремистов части социальной базы. Крайних исламистов подпитывали «афганцы», участвовавшие в войне против просоветского левого режима в Афганистане и советских Вооруженных сил.
Жестокие репрессии, включая аресты по закону о чрезвычайном положении, пытки в тюрьмах и казни экстремистов ослабили мусульманские террористические организации, загнали их в подполье.
Руководство «Братьев» стало делать упор на легальную деятельность.
В качестве независимых депутатов или представителей некоторых оппозиционных партий «Братья-мусульмане» стали участвовать в парламентских выборах. На предпоследних выборах 2005 года, даже в условиях ограничений, репрессий и фальсификаций, они завоевали 88 мандатов – почти 20 % парламентских мест. Но в ходе последних выборов в ноябре—декабре прошлого года из-за массовой фальсификации, арестов и давления властей «Братья» лишились представительства в парламенте.
Руководство «Братьев-мусульман» не участвовало в первые дни в волнениях, но