Суровость расправы показывает, что дело было политическое. Истинный смысл всей истории указывает и дошедшее упоминание одного и приставов, стерегших Романовых в ссылке, что они «злодеи, изменники, хотели царство достать ведовством и кореньем». Фёдора Никитича сослали в Антониев-Сийский монастырь и там насильно постригли под именем Филарет. Из Москвы продолжали внимательно следить за ссыльными, приказывая приставам «бережнье держать большое, чтобы им нужды ни в чём отнюдь никакой не было и жили бы и ходили бы свободно», но в то же время, постоянно доносить об их поведении. Первое время инок Филарет сильно тосковал, но к 1605 г. его настроение круто изменилось, и пристав доносил с недоумением: «и живет деи старец Филарет безчинством не по монастырскому чину, всегда смеется неведомо чему и говорит про мирское житье…»205
Это было время, когда шла борьба царя Бориса с самозванцем. Годунов обвинил Романовых, что появление самозванца «их рук дело», указывая на место проживания Гришки Отрепьева у них во дворце. Будучи уверенным в этом, Борис возложил борьбу с самозванцем на бояр-княжат Шуйских, Голицыных, Мстиславских, т.е. на соперников романовского круга. Но если враги Годунова думали найти в самозванце только орудие его низвержения, то они жестоко ошиблись. Неожиданная кончина Бориса и смута в войсках привели к воцарению Лжедмитрия. Разбитая опалами Годунова придворная знать лишь постепенно стала оправляться при новом царе. Филарет возвращён из ссылки, но не занял видного положения в Москве, а был назначен на митрополию в Ростове; брат его Иван, единственный и братьев, переживший ссылку, стал боярином.
При дворе царя «Дмитрия» влияние досталось новым людям и это сблизило против него прежних недругов. Родовитое боярство поспешило свергнуть самозванца; Романовы и их друзья поддержали заговор, но не руководили им. Однако союз двух кругов московского боярства не мог быть прочным: когда инициаторы заговора прочили на престол одного из своих, в то же самое время по Москве пошли слухи, записанные иноземцами, что власть перейдёт к одному из Романовых.
Царем стал Василий Шуйский. И он пытался примирить партию Романовых со своим воцарением, наметив Филарета на патриарший престол. Наречённый, но ещё не поставленный Филарет тотчас по воцарению Шуйского был послан в Углич для перенесения в Москву мощей царевича Дмитрия.