С Петром на всю жизнь остался ужас, пережитый, когда восставшие выбрасывали из дворца на копья и «рубили в мелочь» его родственников и царедворцев. Животный страх слился с ненавистью, впитанной с малолетства, когда мать и родичи царевича, предприняв неудавшуюся попытку захвата власти после смерти царя Алексея, в завистливой злобе прозябали на задворках пышного двора царя Фёдора Алексеевича.
Богомольный 16-летний царевич Иван был повергнут в оцепенение происходящим на глазах душегубством и окончательно отказался от занятий делами мирскими. Во всполошенной восставшими царской семье было множество царевен – теток и сестер Ивана и Петра, – в том числе знаменитая советница царя Фёдора, строительница и меценатка Татьяна Михайловна. Царевны вместе с царицей Наталией Кирилловной прятали преследуемых от разъяренных стрельцов, воспользовавшись даже покоями юной вдовы Фёдора, царицы Марфы Матвеевны Апраксиной. Но активно вмешаться в события они оказались неспособны.
Подавляющее большинство государственных деятелей и царедворцев, застигнутых во время ежедневного утреннего собрания во дворце, даже не отдавало себе отчета в том, что они не подвергаются непосредственной опасности, поскольку восставшие ищут именно объявленных «изменников». Правда, трудно было спокойно созерцать расправы, тем более что стрельцы убили кое-кого по ошибке, обознавшись. Гибель князя Михаила Долгорукова, а затем его отца князя Юрия Алексеевича с несколькими военными, не столько помешавшими, сколько разозлившими стрельцов сопротивлением и угрозами, усилила панику. Правящая верхушка была деморализована.
Хотя уже 17 мая восставшие, пытками добившись признания «виновных» в отравлении царя Фёдора и завершив казни, объявили о воцарении в столице спокойствия (и даже помиловали оставшихся в живых «изменников»), большинство бояр, окольничих, думных дворян и дьяков разбежались по своим вотчинам, забившись «аки подземные кроты» в дальние деревни. Лишь немногие из родовой знати – часть Одоевских, И. М. Милославский, В. В. Голицын, Хованские, М. П. Головин и др. – сочли недостойным оставить царскую семью в руках восставших.
18 мая оставшиеся в Москве вельможи образовали новое правительство вместо истребленного и разогнанного. Сложность состояла в том, что для жителей столицы, восставших против попытки «верхов» «царством владети паче прежнего, и людьми мять, и обидети бедных, и продавать», новые власти не являлись авторитетом. Но юный Пётр и Иван, царицы и царевны оказались небеззащитны. Из их перепуганной толпы выступила царевна Софья Алексеевна, обладавшая незаурядным умом, отмеченным еще знаменитым просветителем Симеоном Полоцким, у которого она осваивала курс «свободных наук»