В результате этих преобразований судебной системы гражданские дела рассматривались и рассматриваются в двух параллельных судебных системах: в судах общей юрисдикции и арбитражных судах. При этом в иерархии судов общей юрисдикции функционировало 6 судебных инстанций (районный суд в качестве суда первой инстанции, кассационная инстанция и 3 надзорные инстанции в лице президиума верховного суда области и соответствующего ему суда, Судебной коллегии Верховного Суда РСФСР и Президиума Верховного Суда РСФСР), но фактически надзорных инстанций было больше, поскольку правом принесения протеста на вступивший в законную силу судебный акт обладал Прокурор РСФСР, Председатель Верховного Суда РСФСР и его заместители. Поэтому надзорную жалобу можно было подавать кратно количеству этих должностных лиц. В системе арбитражных судов было 3 судебных инстанции (суд первой инстанции, кассационный суд и Высший Арбитражный Суд России в качестве высшего органа судебного контроля, осуществляющего проверку в коллегиальном составе).
Уголовные дела рассматривались судами общей юрисдикции также в 6 инстанциях, поэтому ситуация с множественностью судебных инстанций была схожей.
Дела об административных правонарушениях рассматривали несудебные и судебные органы власти, и, соответственно, постановления по делам об административных правонарушениях могли быть проверены лишь в одной судебной инстанции[65].
На этом фоне децентрализуется право дачи разъяснений нижестоящим судам по вопросам судебной практики, а именно им обладает Верховный Суд России и Высший Арбитражный Суд России. Конституционный Суд России дает толкование лишь положений Конституции России.
С учреждением мировой юстиции в системе судов общей юрисдикции в 1998 году и введения апелляционного производства в 2000 году количество судебных инстанций в системе судов общей юрисдикции возросло до 8: мировой судья, районный суд как суд апелляционной инстанции, областной и соответствующий ему суд в качестве кассационной и надзорной инстанции, председатель областного и соответствующего ему суда, Верховный Суд России в лице Судебной коллегии, Президиума, Председателя и его заместителей.
В арбитражных судах учреждается апелляционная инстанция и количество судебных инстанций возрастает до 4.
Множественность судебных инстанций, неоднократность проверки судебных актов и ее медлительность в системе судов общей юрисдикции, которая могла длиться годами, вызывала