Хотя Мечникову страшно не хотелось жить в большом и шумном городе, он был чрезвычайно тронут теплым приемом и великодушием Пастера. Старший ученый предложил ему стать руководителем лаборатории в недавно построенном Институте Пастера на улице Дюто в пригороде Парижа, который был открыт в 1888 году для продолжения успешных исследований микробов и вакцин. Мечников не знал, что однажды он станет самым знаменитым исследователем института и что он, в буквальном смысле, никогда не покинет это место. (По его просьбе его прах будут хранить в мраморной урне на книжной полке в библиотеке.)
Париж конца XIX века был наполнен духом радости жизни (joie de vivre) Прекрасной эпохи (Belle Epoque) и еще не тронут двумя надвигающимися мировыми войнами. Это был один из первых городов, украсивших свои улицы электрическими фонарями. Люди стремились взглянуть на возвышающееся стальное здание, недавно представленное французским инженером Густавом Эйфелем. На тот момент это было самое высокое сооружение в мире, продукт непродолжительного, но плодотворного равновесия в парижской истории. Город был культурной Меккой, утопающей в красоте и изобилующей бесконечными источниками развлечений, зажигающими творческие стремления. Ги де Мопассан лихорадочно писал рассказы, вступив в самый плодовитый период своей жизни, а Эмиль Золя создал свой знаменитый роман «Человек-зверь». Множились кафе, а «Мулен Руж» впервые открыло свои двери для публики. Фланеры, модно одетые эстеты, в свободное время бродившие по улицам, с томной легкостью впитывали окружающую их атмосферу. Мечников же в своем поношенном костюме почти не обращал внимания на соблазны большого города – поглощенный работой, он спешил в свою лабораторию.
Следующие четверть века исследователь самоотверженно защищал свои научные изыскания, то и дело подвергаясь нападкам. Один французский ученый назвал его теорию иммунитета «восточной сказкой». Немецкий патолог Пауль Баумгартен указывал, что большинство пациентов с возвратным тифом в итоге выздоравливают, несмотря на то, что микробы свободно плавают в их крови, не тронутые фагоцитами, которые способны – как утверждал Мечников – бороться с патогенами. В ответ на это Мечников показал, что фагоцитоз у этих пациентов действительно происходит, но в селезенке, а не в крови.
Затем появилось новое исследование, которое, казалось, нанесло сокрушительный удар по фагоцитарной теории. В 1890 году немецкий врач Эмиль фон Беринг, сотрудник Института Коха в Берлине, и его японский коллега Сибасабуро Китасато объявили, что сыворотка – бесклеточная часть крови янтарного цвета – является ключом к защите животных от инфекций. Они смогли защитить кроликов от столбняка, вводя им ослабленные формы столбнячной бактерии, подобно тому,