Боярские комиссии.
Создавались по мере надобности для ведения внешнеполитических переговоров, а позднее – для наблюдения за губными учреждениями. Так старинно территориальный принцип управления постепенно заменялся функциональным. В первой половине 16 века отрасли казённого управления ещё не обособились, ещё не создался определённый штат каждой из них. Следовательно, задача укрепления центрального аппарата власти в полной мере не была решена.
Боярская Дума в Смутное время.
После смерти Ивана Грозного значение Боярской думы опять возросло. Заметную роль играет Боярская дума в отдельные периоды иностранной интервенции и крестьянской войны начала 17 века. Буссов, хорошо знавший московские дела при первом самозванце, в своих рассказах об отношениях его к боярам мимоходом отметил черту, показывающую, что думные люди любили на заседаниях Думы подолгу рассуждать о предметах совещания.
«Не проходило дня, замечает этот иностранец, когда бы царь не присутствовал в совете, где сенаторы докладывали ему государственные дела и подавали о них свои мнения. Иногда, слушая продолжительные и бесплодные их прения, он смеялся и говорил: „Столько часов вы рассуждаете и все без толку! А я вам скажу, дело вот в чем“, и в минуту решал дела, над которыми сановитые бояре долго ломали свои головы. Но накануне своей свадьбы, обсуждая с боярами, в каком платье венчаться его невесте, в польском или русском, Лжедимитрий после долгого и жаркого спора уступил своим советникам, которые стояли за старый московский обычай».
В правление боярского царя Василия Шуйского в 1606 – 1610 годах, кроме Боярской думы, в Москве существовала особая Дума в тушинском лагере. После свержения Василия Шуйского 17 июля 1610 года к власти пришла Боярская дума. Фактически всё управление государством осуществляла группировка из семи наиболее влиятельных членов Думы (Ф. И. Мстиславского, И. М. Воротынского, А. В. Трубецкого и других). Это боярское правление получило у современников наименование «семибоярщины». В договорах, заключённых с польскими интервентами 4 февраля и 17 августа 1610 года, бояре пытались подчеркнуть это возросшее значение Боярской думы.
Боярская Дума после Смуты.
Несмотря на возросшее к началу 17 века значение поместного дворянства, боярство сохранило своё экономическое и политическое могущество. Боярская дума по-прежнему являлась важнейшим органом государства, разделявшим вместе с царём прерогативы верховной власти. Это был орган боярской аристократии. Состав думы за век удвоился. Особенно заметно возросло число окольничьих думных дворян и дьяков. В 1681 году в Боярской думе было 15 одних только думных дьяков. Таким образом, Боярская дума представляла собой собрание представителей старинных боярских фамилий и выслужившихся приказных дельцов. Боярская дума оставалась верховным органом по вопросам законодательства,