Первоначальный контракт с Universal предусматривал производство трех проектов, но в итоге Naughty Dog выпустила четыре игры подряд. Crash Bandicoot 3: Warped вышла в США снова для PlayStation в октябре 1998 года. Критики были почти единодушны и хвалили постоянное переосмысление серии, совершенствующее оригинальный рецепт. Это снова был успех, и снова графические и звуковые достоинства и гибкость управления подарили Crash любовь постоянно растущей аудитории.
Для производства Crash Team Racing, четвертой части серии, студия решила освободиться от Universal. Антропоморфный Крэш стал всемирно узнаваемым маскотом. Он появлялся на коробках Pizza Hut и на поездах Eurostar, однако эффективность Universal в продвижении оставляла желать лучшего. Права выкупила Sony, и студия-разработчик решила самостоятельно профинансировать большую часть новой гоночной игры. 30 сентября 1999 года Crash Team Racing[10] появилась на американских прилавках и снова получила признание публики и прессы. Игра стала неожиданной альтернативой непобедимой Mario Kart от Nintendo, предлагая долгожданные изменения геймплея в проекте, который отдавал дань отслужившей свое PlayStation.
Sony приобретает студию
Но переход в новое тысячелетие стал для студии синонимом перелома. Разработка Crash Team Racing была чрезвычайно сложной в техническом плане, усиливалось давление со стороны Sony, желающей получить нового маскота для поддержки следующей PlayStation 2. Энди Гэвин впервые задумался о продаже своей доли в компании, чтобы отдохнуть от лихорадочного темпа работы в индустрии. Рынок видеоигр стремительно менялся, команда для разработки игр следующего поколения должна была существенно увеличиться, а бюджет следующего проекта Naughty Dog предварительно оценивался примерно в 14 миллионов долларов. Энди боялся потерять чувство беззаботности и свободы, которое было так дорого его сердцу. Однако без существенной финансовой поддержки идти по тому же пути становилось невозможно.
Именно после представления боссам Sony нового «Проекта Y» (который позже превратится в Jak and Daxter: The Precursor Legacy) произошла окончательная продажа студии. Так, в январе 2001 года Naughty Dog официально стала собственностью японского производителя, а Энди и Джейсон остались ее соруководителями. С независимостью было покончено, но отношения с Sony до сих пор были бесспорно выгодными, так что дуэт из Вирджинии без сожалений подписал соглашение, которое окажется чрезвычайно выгодным для Sony. Naughty Dog продолжала неизменно выпускать игры все более высокого качества, никогда не ставя под вопрос условия управления или творческую свободу. Немногие разработчики на невероятно изменчивом рынке могут сказать то же самое.
Очередной виртуальный дуэт
Основная концепция «Проекта Y», следующей серии студии, в целом повторяла Crash Bandicoot: красочная платформенная вселенная. Но поскольку технические характеристики будущей PlayStation 2, похоже, не совсем подходили догам[11], было решено, что в общем дизайне игры не будут делать ставку на фотореализм. На этот раз в Naughty Dog хотели открыть игроку возможности для исследования, как в Mario 64. Первоначально в «Проекте Y» было