Тем временем Юнкерский батальон с продолжавшим состоять в нем Морским взводом был из Новочеркасска возвращен в Ростов, где чины батальона были награждены за Нахичеванский бой Георгиевскими крестами.
30 января 1918 года Морская рота вместе с Кавказским сводным дивизионом43 получила приказание срочно отправиться на станцию Батайск для защиты с юга города Ростова против наступавшего многочисленного отряда Сорокина44, поддержанного бронепоездом.
В жестоком бою с превосходящими силами противника в рядах Морской роты были убиты лейтенант Адами ди45, мичман Петров, мичман Мельников46 и лейтенант Энвальд47 и тяжело ранены старший лейтенант Ваксмут и мичман Тихомиров48. В конце боя был тяжело ранен в глаз и командир Морской роты капитан 2-го ранга Потемкин.
9 февраля к вечеру красными был занят Новочеркасск, а вскоре был сдан и Ростов. С временным занятием этих городов красными можно считать, что и славная Морская рота прекратила свое существование. Капитан 2-го ранга Потемкин остался в Ростове и был спрятан одной гимназисткой, игравшей роль сестры милосердия. Раненые старший лейтенант Ваксмут и мичман Тихомиров были скрыты в Новочеркасске. Отважные братья лейтенанты С.49 и Б. Ильвовы50 и лейтенант А. Басов51 присоединились к армии, ушедшей в Первый Кубанский поход, где Басов был убит в первой же атаке большевиков, Сергей Ильвов был ранен навылет в грудь, а Борис в руку. Старший лейтенант Н.В. Потолов52 и Б.М. Елачич53 ушли на Каспийское море – в Баку.
Остатки Морской роты были влиты в Офицерский полк54, в рядах которого добрая половина моряков погибла в Кубанском походе55.
В течение 1918–1919 гг. при атамане Каледине на Дон прибыли: адмирал А.А. Кононов56 и его сын – капитан 1-го ранга (впоследствии контр-адмирал) И.А. Кононов57, адмирал С.С. Фабрицкий58, адмирал Степанов59, капитаны 1-го ранга А.Н. Заев60, С.В. Лукомский61, капитан 2-го ранга Бодиско62, Подгорный63, Собецкий64, Бернет65, Данилов, инженеры-механики Щепотьев66 и Герасимов67, старшие лейтенанты Соловьев68, Селезнев69, Елкин70, Коженков71 и Медведев72, лейтенанты Шестаков73, Кунаков74, Кияшкин75, Поздеев, Чехов76 и другие офицеры флота, гардемарины и морские кадеты. Все названные здесь лица были зачислены на службу в донские организации.
В 1918 году Военно-Морским управлением был разработан план создания нескольких морских организаций на Дону. По инициативе и стараниями инженера-механика лейтенанта Герасимова первой была организована Донская флотилия, под руководством же и стараниями капитана 1-го ранга Подгорного и