Вскоре (30 июня 1790 г.) начальник (обер-секретарь) Тайной экспедиции известный «заплечных дел мастер» С. И. Шешковский доложил императрице, что сочинитель «зловредной» книги схвачен, закован в цепи и посажен в каземат Петропавловской крепости. Шешковский производил и следствие по этому делу (как и дело Пугачева). Палата уголовного суда, куда было передано дело, вынесла Радищеву (на пятнадцати листах!) смертный приговор, в конце которого говорилось: «За сие ево преступление Палата мнением и полагает, лиша чинов и дворянства… казнить смертию, а наказанные сочинения ево книги, сколько оных отобрано будет, истребить» (в России запрет «Путешествия…» был снят лишь в 1905 г.). Затем дело по инстанции перешло в Сенат. Сенаторы, подчеркнув, что Радищев «сочинил и издал столь вредное, неистовое и оскорбительное сочинение», постановили преступнику «отсечь голову» и направили материалы дела Екатерине II. Та переправила его в Государственный Совет, где приговор, вынесенный Сенатом, был утвержден. Наконец, высочайшим указом от 4 сентября 1790 г. (по ходатайству А. Р. Воронцова и по случаю заключения мира со Швецией) Екатерина подписала указ о замене Радищеву смертной казни ссылкой на десять лет в Сибирь, в Илимский острог. На предложение о даче прошения о помиловании Радищев ответил отказом и с мужеством переносил ссылку.
Осенью 1796 г. после смерти Екатерины II пришедший к власти Павел, ненавидевший свою мать, постарался отменить наказания, вынесенные Екатериной. В числе помилованных был и Радищев. Сибирская ссылка заменялась ему ссылкой в Калужскую губернию в село Немцово, принадлежавшее семье Радищевых. В 1801 г. уже Александр I, занявший трон после убийства своего отца Павла I, утвердил государственную комиссию для обновления законов, в состав которой (опять-таки по рекомендации А. Р. Воронцова) был зачислен и Радищев. Разумеется, какие-то законы Радищев пытался изменить. Например, чтобы защитить крестьян от произвола помещиков, он предлагал установить такой закон, который бы одинаково карал уголовных преступников независимо от социального положения, очень ратовал за то, чтобы преступления крепостных рассматривали не помещики, а суд, и чтобы подсудимый при этом имел право брать защитника и отводить судей. Разумеется, в результате Радищев вновь попал под подозрение.
А.