Тридцать первого августа мэтр Лашо произнес мастерски построенную речь в защиту художника, закончив ее просьбой об оправдании. Хотя собственные политические симпатии адвоката были на стороне Империи, он считал поведение Курбе достойным уважения. Пункт за пунктом он проанализировал свидетельства в пользу художника. Впоследствии Курбе признавал добросовестность и компетентность своего адвоката, но жаловался, что как бонапартист Лашо относился к нему холодно и даже не подавал собственному клиенту руки.
Второго сентября в отношении Курбе был вынесен приговор. В дополнение к трем месяцам предварительного заключения суд приговорил его к шести месяцам тюрьмы, а также к пятистам франкам штрафа, не считая его доли судебных издержек.
Каждого из осужденных обязали уплатить как общие, так и личные судебные издержки. В связи с тем, что эти люди были в основном бедные, Курбе поступил весьма великодушно. Он добровольно рассчитался за своих сотоварищей, уплатив в общей сложности в казну французского государства 6850 франков.
После оглашения приговора Курбе перевели во временную тюрьму Оранжери в Версале, где ему пришлось спать «на трехсантиметровом слое насекомых». Чуть позже, 22 сентября, его этапировали в старую парижскую тюрьму Сент-Пелажи.
Сестре Зоэ в конце концов удалось убедить префекта полиции разрешить Курбе писать в его камере. Приводить к нему натурщиков не позволялось, но Зоэ приносила фрукты и цветы для натюрмортов.
В тесной каморке заключенного Курбе создал целую серию небольших композиций из цветов и фруктов. Он написал также портрет одного из тюремщиков, а на стене у кровати изобразил девушку с цветами в волосах. Голова ее, казалось, лежит на подушке художника. Сохранилась легенда, согласно которой надзиратель, обманутый реалистичностью увиденного, пришел в ярость при виде женщины, возлежащей в постели заключенного. Однако обнаружив, что дерзкая «нарушительница порядка» всего лишь нарисована, он от души посмеялся.
Незадолго до падения правительства Тьера Национальному собранию Франции была представлена смета на восстановление Вандомской колонны. 30 мая 1872 года Национальное собрание ее утвердило, с поправкой, внесенной новым кабинетом. В судебном порядке следовало уточнить общую стоимость восстановления колонны и взыскать ее с Курбе.
Это странное решение было совершенно беспрецедентным актом. До сих пор ни один конкретный человек или группа людей не признавались ответственными за ущерб, нанесенный общественной собственности во время революционных событий. Этот акт был тем более несправедливым, поскольку, когда колонну решили снести, Курбе не был даже членом Коммуны. Впрочем, в некоторых