Вообще Игнатьев и во время службы в войсках, и в период дипломатической работы всегда тепло относился к солдатам, прислуге и конвою. Он заботился об их питании, одежде, никогда не применял рукоприкладства, был справедлив, но требователен. Благодаря этому он добивался исключительной дисциплины. Каждый подчиненный твердо знал свои обязанности и четко их выполнял. Неразбериха и разгильдяйство были исключены. Характерно, что во время пути и пребывания в Хиве и Бухаре миссия потеряла только одного казака, умершего от лихорадки, и 5 лошадей, а действовала она в труднейших бытовых и климатических условиях.
Возвращение в Оренбург не обошлось без приключений. Ехали в повозке в сопровождении трех верблюдов и двух вожаков-казахов, указывавших дорогу в снежной степи. По пути попали в буран и сбились с дороги. Провожатые, заявив, что «сам шайтан не найдет теперь никакой дороги», скрылись. Путешественники провели бессонную ночь и сильно обморозили руки и лица. Мороз достигал 20° при пронзительном ветре. К счастью, сбежавшие провожатые наткнулись на кочевавший аул и наутро вернулись со свежими верблюдами[103]. 6 декабря Игнатьев прибыл в Оренбург, где его считали уже погибшим. Здесь не обошлось без споров с Катениным. И Игнатьев, и Катенин сходились на том, что надо предпринимать наступательные действия в Средней Азии. Но Игнатьев считал, что весной следует начать экспедицию против Хивы и отсюда уже осваивать водный путь по Амударье к Афганистану и Индии. Катенин же хотел развивать наступление на кокандские крепости Джулек и Туркестан, с тем чтобы удлинить Сырдарьинскую укрепленную линию и угрожать Коканду.
По приезде в Петербург Игнатьев был принят Александром II и доложил ему о результатах миссии. Несмотря на неудачу в Хиве, они были впечатляющими. Достигнуто соглашение с Бухарой, что было важно для укрепления авторитета России среди племен и народов Средней Азии. Это обстоятельство оценил Горчаков, указав в отчете МИД за 1858 г., что в Бухаре, сильнейшем из среднеазиатских ханств, «мы успели утвердить наше влияние на основаниях, которые, по крайней мере, в настоящую минуту кажутся прочными»[104].
Важнейшим итогом экспедиции явилось исследование устья и течения Амударьи до Чарджоу, что составляло примерно 600 верст вверх по реке. Основные изыскания были проведены А. И. Бутаковым и А. Ф. Можайским.