Мы видели, как сильно волновал Вильну своими проповедями Стефан Зизаний, вооружась против католицизма и унии. Рагоза отлучил его от церкви за ересь, а православные епископы, на Брестском же соборе 8 октября, объявили его невинным, равно как и двоих священников братских, отлученных вместе с Зизанием: «Так как сам митрополит в послушании у церкви восточной не хотел быть, то и клятву свою на этих священников положил ни за что другое, как только за книжку, сочиненную на костел римский». Труды Зизания вызвали опровержение со стороны католиков: явилась книжка под заглавием: Kаkol, ktory rozsiewa Zyzani (соч. Жебровского, 1595 г.). Но Зизаний в 1596 году издал слово (казанье) св. Кирилла, патриарха иерусалимского, об антихристе: из этого сочинения выходило, что время антихристово есть время унии. На книжку Зизания в том же году явился опять католический ответ: Plewy Stephanka Zuzaniej. Как образчик полемического тона и остроумия времени приведем несколько слов из этой книжки: «В недавнее время Зизаний привез в Вильну на торг множество куколю фальшивой науки и хотел продавать его вильнянам за настоящую пшеницу. Но вильнян предостерегли от измены, и Зизанию торг запрещен. Давши покой куколю, взялся он за плевелы, желая на них попробовать счастья, написал новую книжку, не куколя, а плевел исполненную. Но как плевелы от первого дуновения ветра разлетаются по воздуху, так и все, что он в этих книжках написал, одним духом каждый сдунуть может. Чтоб это легче можно было сделать, он написал книжку двояким языком: по-русски и по-польски, дабы иметь больше свидетелей своей глупости».
Но понятно, что самая сильная полемика должна была возгореться по поводу Брестского собора. В 1597 году явилось два описания этого собора с двух противоположных точек зрения: православное Ekthesis или краткое описание того, что делалось на поместном синоде в Бресте Литовском; католическое описание собора было сочинено знаменитым Скаргою, который согласно с основным своим взглядом утверждал, что собор незаконен, что законно только то, что постановлено митрополитом и епископами, т. е. уния, ибо миряне не имеют никакого права вмешиваться в дела церковные, а должны повиноваться беспрекословно своим пастырям. Опровержением книги Скаргиной явился со стороны православных знаменитый Апокризис албо отповедь на книжкы о съборе берестейском, именем людий старожитной релеи греческой, через Христофора Филалета (псевдоним). Понятно, что автор Апокризиса должен был ударить со всею силою на основной взгляд Скарги о невмешательстве мирян в дела церковные. Приведши известные нам грамоты, в которых Рагоза и Потей клянутся ничего не предпринимать без ведома мирских людей, автор Апокризиса указывает, что и сами эти духовные не разделяли мнение Скарги и сами себя осудили, поступивши вопреки клятвенным