Уже в Русской Правде находим, что по смерти отца опека над малолетними детьми, распоряжение имуществом их принадлежат матери; не говоря о древней Ольге, в позднейшее время мы видели важное значение матери семейства княжеского, ее влияние на дела не только при малолетних, но даже и при возрастных сыновьях; следовательно, по смерти Василия опека над малолетним Иоанном и управление великим княжеством, естественно, принадлежали великой княгине – вдове Елене. Это делалось по обычаю, всеми признанному, подразумевавшемуся, и потому в подробном описании кончины Василия среди подробных известий о последних словах его и распоряжениях не говорится прямо о том, чтоб великий князь назначил жену свою правительницею; говорится только, что трем приближенным лицам – Михаилу Юрьеву, князю Михаилу Глинскому и Шигоне – Василий приказал о великой княгине Елене, как ей без него быть, как к ней боярам ходить. Последние слова о боярском хождении мы должны принимать как прямо относящиеся к правительственному значению Елены, должны видеть здесь хождение с докладами. В одной летописи говорится о возведении малолетнего Иоанна на престол таким образом: начали государя ставить на великое княжение в соборной церкви Пречистыя богородицы митрополит Даниил и весь причет церковный, князья, бояре и все православное христианство; благословил его митрополит крестом и сказал громким голосом: «Бог благословляет тебя, государь, князь великий Иван Васильевич, владимирский, московский, новгородский, псковский, тверской, югорский, пермский, болгарский, смоленский и иных земель многих, царь и государь всея Руси! Добр здоров будь на великом княжении, на столе отца своего». Новому государю пропели многолетие, и пошли к нему князья и бояре, понесли дары многие; после этого отправили по всем городам детей боярских приводить к присяге жителей городских и сельских.
Умирающий Василий имел много причин беспокоиться о судьбе малолетнего сына: при малютке осталось двое дядей, которые хотя отказались от прав своих на старшинство, однако могли при первом удобном случае, отговорясь невольною присягою, возобновить старые притязания; эти притязания тем более были опасны, что вельможи, потомки князей, также толковали о старых правах своих и тяготились новым порядком вещей, введенным при Василии и отце его. «Вы бы, братья мои, князь Юрий и князь Андрей, стояли крепко в своем слове, на чем мы крест целовали», – говорил умирающий братьям; боярам он счел нужным напомнить о происхождении своем от Владимира киевского, напомнить, что он и сын его – прирожденные государи; Василий знал, что в случае усобицы и торжества братьев должны повториться те же явления, какие происходили при деде его, Василии Темном, что тогда малюткам – детям его нельзя ждать пощады от победителя; и вот он обращается к человеку, по близкому родству обязанному и по способностям могущему блюсти за сохранением семьи великокняжеской: «А ты бы, князь Михайло Глинский, за моего сына, великого князя Ивана, за мою великую княгиню Елену и за моего сына, князя Юрья, кровь свою пролил и тело свое на раздробление дал».
Опасения умирающего сбылись: тотчас после похорон Василия вдове его донесли уже о крамоле. Летописцы оставили нам об этом деле разные свидетельства: по одним, двое князей Шуйских, Иван и Андрей Михайловичи, еще при великом князе Василии отъезжали к удельному князю Юрию; Василий отправил к брату с требованием их выдачи, и тот беспрекословно исполнил это требование; Василий велел оковать отъезжиков и разослать их по разным городам; но великая княгиня Елена, ставши правительницею, приказала освободить их по ходатайству митрополита и бояр. Первым делом Андрея Шуйского по возвращении в Москву была новая крамола: он начал подговаривать князя Бориса Горбатого к отъезду, объявил, что князь Юрий зовет его, Андрея, к себе и он хочет к нему ехать. «Поедем со мною вместе, – говорил он Горбатому, – а здесь служить – ничего не выслужишь: князь великий еще молод, и слухи носятся о князе Юрии; если князь Юрий сядет на государстве, а мы к нему раньше других отъедем, то мы у него этим выслужимся». Горбатый не только сам не согласился отъехать, но и Шуйскому отсоветовал; тогда последний, видя неудачу и опасаясь последствий своей откровенности с Горбатым, решился предупредить его: явился к великой княгине и объявил, что князь Борис зовет его отъехать к князю Юрию, который также присылал и к нему с приглашением; но правда открылась, и князя Шуйского посадили опять под стражу. При этом бояре сказали правительнице, что надобно схватить и князя Юрия; Елена отвечала им: «Как будет лучше, так и делайте». Бояре сочли за лучшее отделаться заблаговременно от удельного князя, и Юрий вместе с своими боярами посажен был под стражу в той самой палате, где прежде сидел племянник его, несчастный Димитрий, внук Иоанна III.
По второму известию, князь Юрий прислал дьяка своего, Третьяка Тишкова, к князю Андрею Шуйскому звать его к себе на службу. Шуйский сказал дьяку: «Князь ваш вчера крест целовал великому князю, клялся добра ему хотеть, а теперь от него людей