Между тем маньчжуры спровоцировали выступление монгольских (мунгальских) ханов против России и под предлогом обеспечения безопасности своих послов перенесли переговоры на 1689 г. В январе 1688 г. Очирой-Сайн-хан, снаряженный китайцами «пушками и мелким огненным ружьем», потребовал передать в свое подданство прибайкальских ясачных людей, осадил Селенгинск и Удинск. В сентябре двухтысячный отряд Ф. А. Головина отогнал монголов от Удинска и на реке Хилоке разбил войско тайшей, обезопасив русский тыл со стороны Забайкалья. 200 монголов было убито и 1 200 юрт приведено в подданство.
Укрепив Удинск, весной 1689 г. Ф. А. Головин переехал в Нерчинск. Туда из Посольского приказа были доставлены новые инструкции, свидетельствовавшие, что правительство начинало, наконец, реально оценивать всю сложность создавшегося в приграничье с Китаем положения. Последняя ступень уступок, на которые было разрешено соглашаться Ф. А. Головину, это – разрушение Албазина, но с сохранением русских промыслов в Даурии. По настоянию китайской стороны местом для переговоров был избран Нерчинск. 20 июля 1689 г. цинские послы прибыли к городу на 76 больших, вооруженных пушками, судах. Одновременно с флотом подошла и сухопутная армия. Общая численность китайских войск достигала 15 тысяч человек, в то время как в подчинении Ф. А. Головина в Даурии было всего 2,5—3 тысячи человек.
Цинская династия была заинтересована в мирном договоре для обеспечения своего тыла в ожидавшейся войне с Монголией. Неудачи в действиях против мелких русских гарнизонов грозили придать конфликту затяжной характер, что ухудшило бы и без того незавидное финансовое положение правительства. Важность предстоящих переговоров обусловила как согласие Канси на проведение их вне территории империи, так и высокий состав делегации. Первым послом был назначен начальник гвардии князь Сонготу, вторым – дядя императора князь Тунгуеган (Киу-Кису), третьим – вельможа Лантань (Ламт), руководивший боевыми действиями против Албазина в 1685—1687 гг.
Не нашло поддержки русское предложение о включении в текст договора статей о свободной торговле. На проходившем 13 августа втором съезде послов маньчжуры под угрозой начала военных действий потребовали территории Приамурья и значительной части Забайкалья. В ответ на угрозы Ф. А. Головин высказал готовность России защищать свои земли. По воспоминаниям Ж. Жербильона, первый