Самое высокое и символическое проявление ограниченности истинно человеческого в роду Буэндиа – их неспособность к любви, той высшей форме единения, что не известна животному миру. Это осознает родоначальница Урсула, которая с самого начала знала, чем грозит ей брак с Хосе Аркадио, и с беспокойством наблюдала за безумствами своих потомков. Ослепшая, совсем древняя старушка, она прозревает внутренне и понимает, что все беды из-за неспособности Аурелиано любить.
Любовь среди Буэндиа – это грубый произвол эгоистической плоти (как у тех, кто носит имя Хосе Аркадио), самопожирающая страсть (как у тех, кто зовется Аурелиано), равнодушное петушиное насилие (и у тех, и у других) или холод, страх, трусость, самопоедание (как в судьбе Амаранты и Фернанды). Итог один – не объединение, а разъединение людей, погребенных в подземелье своего одиночества.
Наиболее полно концентрирует в себе тему любви Ремедиос Прекрасная. Казалось бы, она создана для воплощения идеала любви. С естественностью невинной Евы в раю она бродит по дому нагишом, но эта обнаженность лишь символ неспособности к любви. Ремедиос вообще не ведомо это чувство, поэтому ее красота несет всем вокруг нее «не дыхание любви, а губительное веяние смерти». И понимает ее лишь равный ей в своей опустошенности полковник Аурелиано Буэндиа. Он вовсе не считает ее дурочкой, как другие, а видит в ней родственное существо. Одиночество – это бесплодие, и потому невинность и чистота Ремедиос Прекрасной сродни невинности Амаранты, которая отказывалась от любви всю жизнь из трусости, эгоизма и страха.
С Ремедиос связан и другой мотив. Ее красота – хоть и обманчивое, но все-таки воплощение идеала любви. Это и позволило писателю найти такой простой и выдающийся по красоте исход ее судьбы, как вознесение… на простынях, подхваченных ветром. И здесь писатель юмором высветил трагедию. Ремедиос вознеслась, а остальные Буэндиа остались блуждать в «пустынях одиночества» – один в пустыне животного инстинкта, другой – противоестественного влечения, третий – отчуждения, четвертый в пустыне одиночества войны, мятежей, убийств.
Тема одиночества наиболее полно воплощена в образе полковника Аурелиано Буэндиа. Его образ выводит центральные темы с уровня индивидуального и семейно-родового существования на уровень истории. Замечательна интуитивная логика развития образа Аурелиано, второго сына первопредков, она точно соответствует логике мифологического мотива инцеста. В первом сыне – Хосе Аркадио – преобладало физическое воплощение виоленсии, прежде всего в его агрессивной сексуальности, которая заставляла содрогаться Урсулу и думать о предсказанном свином хвостике. В образе Аурелиано воплотилась другая ипостась эдипова комплекса. С. С. Аверинцев, анализируя мотивы трагедий Софокла, писал: «Символ инцеста связан с двумя семантическими линиями: одна ведет к идее экстраординарной власти тирана, другая – к идее экстраординарного знания тайноведца»