Суд в это время перешел почти исключительно в руки приказов. Значение губных старост с этих пор более упадает, чем прежде, и скоро оно дошло почти до ничтожества; во всем берет верх приказный порядок, в городах делаются могучими воеводы и дьяки, непосредственно зависящие от московских приказов. Люди со своими тяжбами ездят в Москву судиться в приказах и сильно тяготятся этим, потому что им приходится давать большие посулы и проживаться в Москве. Выражение «московская волокита», означавшее печальную необходимость тягаться в приказе и проживаться в столице, вошло в поговорку. Последующая жизнь русского народа показывает, что Уложение не только не ввело правосудия, но, со времени его введения, жалобы народа на неправосудие, на худое управление раздавались еще громче, чем когда-нибудь, и народ, как мы увидим, беспрестанно терял терпение и порывался к мятежам.
Относительно церковного ведомства, Уложение узаконило, чтобы все дела и иски, возникающие между духовными, а также мирскими людьми, принадлежавшими к церковному ведомству, с одной стороны, и лицами гражданского ведомства, с другой, – судимы были в приказах большого дворца и монастырском. В последний собирались подати и повинности с монастырских имений. Это установление возбуждало недовольство ревнителей старинной независимости церкви.
В 1649 году исполнилось давнее желание торговых людей: английской компании поставили в вину, что купцы ее тайно провозили чужие товары за свои, привозили свои дурные товары и «заговором» возвышали на них цены, а русским за их товары стакивались платить менее, чем следовало. За все это права компании уничтожались, всем англичанам велено было уехать в отечество; приезжать с товарами могли они вперед не иначе, как в Архангельск, и платить за свои товары пошлины. Вдобавок было сказано, что государь прежде позволял им торговать беспошлинно «ради братской дружбы и любви короля Карлуса, но так как англичане всею землею своего короля Карлуса убили до смерти, то за такое злое дело англичанам не довелось быть в Московском государстве».
Удача московского мятежа искушала народ к восстаниям в других местах. Стало укореняться мнение, что царь Алексей Михайлович государствует только по имени, на самом же деле правление находится в руках бояр, особенно Морозова, царского тестя Милославского и их подручников. Несправедливости и обирательства воевод и дьяков усиливали и раздували народную злобу. Переставши верить, что все исходит от царя, считая верховную власть в руках бояр, народ естественно пришел к убеждению, что и народ – такие же подданные, как и бояре – имеет право