Ему приписывают сооружение пристроек к ярославовой стене, укрепление их контрфорсами, закладку куполов на хорах, сооружение над ними других куполов на кровле и даже размалевку стен, которою закрыты были старые Ярославовы фрески. Но с этим нельзя согласиться. Архитектура пристроек и особенно двухглавые орлы указывают на более позднее время. Сверх того, существуют рисунки, составленные после Могилы, на которых Софийский собор не в том виде, в каком теперь. В «Триоди», изданной во Львове, в 1642 году, в посвящении Петру Могиле говорится о возобновлении Св. Софии в таком виде: «Церковь Св. Софии в богоспасаемом граде Киеве негдысь от святые памяти княжати и самодержца всея России Ярослава сбудованую и на приклад всему свету выставленную, преосвященство ваше в руинах уже будучую знову реставровал и до першей оздобы коштом своим старанем своим привел, а до того и внутрь розмаитыми иноками святых Божиих и апаратами церковными дивно ириоздобил».
Петр Могила обратил внимание на то, что в церковных богослужебных книгах, бывших в употреблении в южной и западной Руси, вкрались неправильности и разноречия. Они были в то время тем неуместнее, что противники православия указывали на это обстоятельство, как на слабую сторону, и утверждали, что в православном богослужении нет единообразия: в одной книге попадаются об одном и том же предмете совсем иные выражения, чем в другой, и каждый священник может употреблять тот или другой способ. Этим противники силились доказать, что церковь, не имея единого главы, не в силах удержать правильности в своих богослужебных книгах, а тем самым указывали на необходимость подчинения единому главе в образе папы. Могила постановил, чтобы вперед богослужебные книги не выходили в печать без пересмотра и сличения с греческими подлинниками и без его благословения; сам он лично трудился над их пересмотром. В 1629 году Петр Могила издал «Служебник», одобренный на киевском соборе митрополитом Иовом Борецким и южнорусскими епископами. Этот «Служебник» отличался от прежних тем, что в нем приложено догматическое и обрядовое объяснение литургии, написанное одним из учеников Могилы, Тарасием Земкою. Таким образом, русские священнослужители получили впервые единообразное руководство для совершения литургии, а вместе с тем могли понимать то, что совершали. Через десять лет, в 1639 году, Могила, уже будучи митрополитом, издал вторым изданием свой «Служебник», значительно умноженный ектениями