Когда Феофан восстановил русскую иерархию, Смотрицкий был посвящен им в сан архиепископа Полоцкого и написал по-польски: «Оправдание невинности», где доказывал право русского народа восстановить свою церковную иерархию и опровергал взводимые на него клеветы, будто он хочет изменить Польше и предаться туркам. Против этого сочинения тотчас же появилось на польском языке сочинение: «Двойная вина»; а вслед за тем началась на польском языке сильная полемика между обеими сторонами. Когда в 1622 году был умерщвлен униат фанатик Иосафат Кунцевич, враги православия распространяли слухи, что главным поджигателем этого убийства был Смотрицкий. Жизнь его была в опасности; он уехал на восток, странствовал три года, приехал в Рим и там принял унию. Возвратившись на родину, он написал по-русски «Апологию» своего путешествия, где оправдывал свое отступление и старался доказать, что в православной церкви существуют заблуждения. Митрополит Иов Борецкий созвал собор в 1628 году и пригласил на него Мелетия Смотрицкого. Мелетий приехал в Киев, уверял, что он хотел только подвергнуть критике некоторые неправославные мнения, вкравшиеся в сочинения православных защитников веры, как равно и злоупотребления, поддерживаемые невежеством духовенства, что игумен дубенского Преображенского монастыря Кассиан Сакович, которому он поверил печатание своей книги, прибавил туда лишнее без его ведома и что он остается по-прежнему в ведомстве православной иерархии. Вскоре, однако, после этого собора, Мелетий снова объявил себя униатом и стал распространять свою «Апологию». Это вызвало со стороны православных горячую полемику. Иов Борецкий написал против Смотрицкого опровержение под названием «Аполлия» (погибель). Протоиерей слуцкий Андрей Мужиловский написал против «Апологии» Смотрицкого дельное сочинение на польском языке, наз. «Антидот». Были и другие сочинения против Смотрицкого.
Распространившееся в Руси польское влияние было так велико, что русские люди, ратуя за свою веру, писали по-польски, и это вредило успехам русской литературной деятельности того времени; иначе русская письменность была бы гораздо богаче. Самый русский язык в ученых сочинениях, писанных по-русски, страдает