Пребывание Бенуа на посту редактора «Художественных сокровищ России» резко оборвалось в начале 1903 года, вскоре после того, как он опубликовал под собственным именем в журнале «Мир искусства» крайне негативный отзыв о выставке, организованной Обществом поощрения художеств. Хотя трудовое соглашение Бенуа давало ему полную свободу печатать все, что он пожелает, в любых изданиях, кроме «Художественных сокровищ России», общество посчитало, что его предали. Члены руководящего комитета возражали против того, чтобы их сотрудник выступал с критикой в прессе, и проголосовали за то, чтобы отправить Бенуа официальное письмо с выговором, угрожая ему увольнением, если он когда-либо снова публично будет подвергать общество нападкам. Пять дней спустя Бенуа подал в отставку. Общество назначило на его место А. В. Прахова, намного более пожилого искусствоведа55.
Под руководством Прахова «Художественные сокровища России» продолжали существовать еще пять лет. В своих воспоминаниях Бенуа неоднократно критиковал свою замену, полагая, что, как только Прахов занял пост редактора, стандарты публикаций в журнале начали резко снижаться [Бенуа 1990–1993, 2: 391–392]. Хотя «Художественные сокровища России» постепенно утратили часть своего блеска, скатившись в посредственность, перемены произошли не так резко, как представлял Бенуа. По крайней мере поначалу у Прахова все шло довольно хорошо, отчасти благодаря использованию материалов, которые Бенуа оставил в редакции журнала после своего внезапного ухода. Прахов ознакомился с архивными данными, собранными Бенуа, его идеями для будущих выпусков и даже контактами, которые он приобрел за годы работы над «Художественными сокровищами России». В 1903 и 1904 годах он реализовал планы своего предшественника по тематическим выпускам о Павловске и Царском Селе.
Хотя Бенуа, возможно, реализовал бы эти проекты немного по-другому, каждый выпуск в том виде, в котором его выпустил Прахов, являлся замечательным достижением. Тематический номер о Павловске, вышедший в 1903 году, по сей день остается важным источником знаний для искусствоведов56. Помимо большой статьи Успенского и прекрасной серии фотографий, в нем содержится ряд важных документов, таких как старые каталоги и описания Большого дворца, в том числе одно, написанное в 1795 году великой княгиней Марией Федоровной ее собственным почерком. Эти записи никогда ранее не были доступны широкой публике, и, естественно, их публикация представляла собой событие большой значимости. Материал, появившийся в «Художественных сокровищах России» в следующем году и касавшийся Царского Села, был во многих отношениях не менее важен57. Старый знакомый Бенуа Успенский снова написал большую часть текста. У него был доступ к архивам Министерства двора, куда было очень трудно попасть, и в результате его статьи всегда были наполнены замечательными