Gâzi Âlim Yunusov, 1923 yılında Birinci Ticaret Cemiyeti başkanlığına tayin edilmiş, 1924 yılında bu cemiyet kapatılınca Adliye Nazırlığında hukuk meseleleri bölümünün başına getirilmiş, buradaki hizmetleri sırasında pek çok kanun maddesinin Özbek diline tercüme edilmesi ve izahı çalışmalarına katkıda bulunmuştur.
1925 yılında Semerkand’da Maarif Nazırlığında çalışmaya başlamış, iki yıl sonra bakanlığın Til ve Atamaşünaslik (Dil ve Terminoloji) Komitesine geçerek ilmî çalışmalarda bulunmuş, Pedagoji Akademisi’nde genel dilbilimi, siyaset, Özbek dilinin semantik ve fonetiği ile ilgili dersler vermiştir. Yine bu yıllarda çeşitli gazete ve dergilerde yazıları yayımlanmış, bilhassa Muştum dergisinde “Kızıl Arslan” mahlası ile hiciv yazıları çıkmıştır.55
1929-1930 yıllarında halk edebiyatı ve Özbek şiveleri üzerinde araştırmalar yapmak maksadıyla Dil ve Terminoloji Komitesi tarafından tertip edilen ilmî gezilere başkanlık etmiştir. Bu heyet içinde tanınmış Türkolog ve şarkiyatçılardan Yevgeni Dimitriyeviç Polivanov, İgor Alekseyeviç Batmanov, Konstantin Kuzmiç Yudahin, Aleksandr Konstantinoviç Borovkov, Viktor Vasilyeviç Reşetov, Özbek dilci Kayum Ramazan, şair ve folklorcu Elbek (Maşrık Yusupov) gibi araştırmacılarla birlikte çalışmıştır. Özbek ağızları üzerindeki ilk ilmî araştırmalar, bu heyet tarafından yapılmıştır.56
Gâzi Âlim Yunusov etnoğrafya, dil ve edebiyat sahalarını ilgilendiren çalışmalarıyla ilim çevrelerinde kendisini kabul ettirmiş bir araştırmacıdır. Nitekim 1930 yılında Leningrad Şarkiyat Enstitüsü’nde araştırmacı olarak çalışırken tanınmış Türkologlardan Nikolay Yakovleviç Marr, Sergey Yefimoviç Malov, Aleksandr Nikolayeviç Samoyloviç, P.M. Melioranskiy ve Yevgeni Eduardoviç Bertels’in tavsiyeleri üzerine kendisine “profesör” unvanı verilmiştir.57
Özbek Tili (1930), Özbek Tiliniŋ Tavuşları (1930), Özbek Uruğlarıdan Katağanlar ve Ularnıŋ Tili (1930), Yüridik Terminler Lûgati (1936), Özbek Lehceleriniŋ Tasnifide Bir Tecribe (1936), Özbek Tili Grammatikası (1936), gibi kitaplar ile Balalar Edebiyatı Toğrısıda Bir Fikr (1925), Elle Toğrısıda Bir-İkki Ağız Söz (1927), Orta Asya Türkleriniŋ Yeŋi Elifbesi (1927) gibi makaleleri, Gâzi Âlim hakkında yazılan yazılarda bilinen önemli eserleri olarak zikredilmektedir.58
Gâzi Âlim Yunusov, asıl eserlerini vereceği bir çağda, 23 Nisan 1937 tarihinde gece yarısı tutuklanarak hapse atılır. Önceleri kendisine ve ailesine suçu hakkında hiçbir bilgi verilmez. Ancak bir buçuk yıl süren tutukluluğu sırasında milliyetçilik, Türkçülük, Turancılık suçlarından dolayı sorgulanır.
Sorgulama sırasında kendisine Pantürkist hareketine ne zaman katıldığı, Türkistan’da İstanbul’daki “Pantürkistlerin” hangi teşkilâtını kurmak istedikleri, bu hareketle ilgili olarak hangi faaliyetlerde bulunduğu, hangi karşı devrimci hareketlere iştirak ettiği, 1918 yılında İstanbul’a tekrar niçin gittiği sorulur. Bu sorulara cevap alabilmek ve polis tarafından tanzim edilen düzmece ifade tutanaklarını imzalatabilmek için diğer Ceditçi şair ve yazarlarla birlikte Gâzi Âlim Yunusov’a da işkence edilir. İsnat edilen suçları kabul ettirebilmek için yapılan işkencelerin şiddeti hakkında Nebican Bâki Katlnâme adlı kitabında bilgi vermektedir. Meselâ Abdullah Kâdirî’den bahsedilen sayfalarda bu konudan söz edilirken, “üç ay mâbeynide it körmegen azabnı köredi” denilmektedir.59 Elbette Gâzi Âlim’in de buna benzer işkencelere maruz kaldığı söylenebilir.
Gâzi Âlim Yunusov, işkencelerin dayanılmaz hâle gelmesi üzerine kendisine sorulan sorulara, sorgu memurlarının istediği tarzda cevaplar vermek zorunda kalır. Buna göre, Türkiye’ye ilk defa 1909 yılında geldiğini, Kahire’ye geçerek El-Ezher’de okuduğunu, herhangi bir teşkilâta girmemekle birlikte bu yıllarda “Pantürkistler terbiyesi” aldığını, İstanbul’da İttihat ve Terakkî Partisi ve Türk Ocağı ile alâkası bulunan ve Türkistanlı talebeleri mekteplere yerleştirmekle meşgul olan Turan Neşr-i Maarif Cemiyeti çevresinde bulunduğunu, Türkistan’a döndükten sonra Taşkent’te Abdullah Avlânî ve Nizâmiddin Hocayev ile beraber “halka Pantürkizm hareketi doğrultusunda eğitim vermek” maksadıyla Turan Cemiyeti’ni kurduklarını, Hokand Muhtariyeti’nin kuruluş toplantılarına temsilci olarak katıldığını, bunlardan başka Taşkent’te Türk Ocağı’nı açtığını, burada “Türkistanlı gençlere Türkçü idealler doğrultusunda eğitim” verdiğini ve 1918 yılında Sovyet Rusyasına karşı İttihat ve Terakki Partisi’nden yardım istemek için İstanbul’a giderek Talat Paşa ile görüştüğünü bildirir.60
Sorgulama safhasında benzer sorular diğer Ceditçilere de sorulmuştur. Meselâ Nazrulla İnâyetov, 28 Kasım 1937 tarihli ifadesinde, işkencelerden sonra kendisine yöneltilen suçlamaları kabul ederek “milliyetçilerin sovyet karşıtı Millî İstiklâl teşkilâtı”na üye olduğunu bildirdikten sonra teşkilâtın üyeleri olarak kırk dokuz kişinin adını sayar; bunlar arasında Gâzi Âlim Yunusov’un adını da zikreder. Aynı şekilde eserleri ve konuşmalarıyla “milliyetçilerin karşı devrimci teşkilâtı”nın üyesi olarak faaliyetlerde bulunmakla suçlanan Abdülhamid Süleymanoğlu (Çolpan), “Özbek edebiyatında karşı devrimci milliyetçilerin ideolojik rehberlerinden biri” olduğunu ve Ekim ihtilâlinin “ilk günlerinden itibaren bu yolu” tercih ettiğine dair ifade verir. Çolpan 10 Ağustos 1937 günü sorgulama sırasında, baskılar sebebiyle şu cümleyi sarf etmek mecburiyetinde kalır: “Ben, Özbekistan’da Şûrâ hâkimiyeti kurulduktan sonra düşman tarafına geçtim ve karşı faaliyetlerde bulundum.” Çolpan aynı sorgulamada kendisiyle beraber Abdurrauf Fıtrat, Atacan Hâşim, Gâzi Âlim Yunusov gibi “karşı devrimci Türkperestler teşkilâtı”na üye olan on sekiz kişinin isimlerini zikreder.61
Gâzi Âlim Yunusov’un arşivdeki 976527 numaralı dosyasında bulunan ve teğmen Trigulov tarafından tanzim edilen 05 Ekim 1937 tarihli sorgulama evrakı, onun “Evvelâ, sorgulama sırasında, uzun süre işlediğim suçları gizlemeye çalıştığım için özür dilemek istiyorum,” cümlesiyle başlamaktadır. Yunusov, aynı evraktaki ifadesine göre, “şahsen dil sahasında araştırmalar yapan âlim maskesi altında ve düzenli bir şekilde burjuva milliyetçiliği propagandası” yaptığını, dilci profesör olarak “millî heyecanla yazılmış kitapları” Özbek diline aktardığını ve “karşı devrimci, milliyetçi teşkilâtın önde gelenlerinden biri olarak Cumhuriyet İlim Terminoloji Komitesi ve diğer ilmî kurumlarda Fıtrat ve Atacan Hâşim’le birlikte karşı devrimci faaliyetler”de bulunduğunu, bunlardan başka 1935 yılı Şubat ayında Taşkent’teki Pedagoji Enstitüsü İngiliz Dili Bölümü’nün başkanı olan Maşkovskiy tarafından İngiliz casusluk teşkilâtına hizmet etmek üzere kiralandığını da kabul eder. Fakat sorgulamanın sona erdiği 15 Aralık 1937 tarihinde bu ifadesini kabul etmez. Bunun üzerine 1938 yılının Mart ayından başlayarak tekrar sorgulanır; Abdullah Kâdirî, Rauf Rahimoviç, Fıtrat, A’zam Eyüpov, Atacan Hâşim, Çolpan gibi diğer tutuklularla yüzleştirilir. Nihayet 24 Eylül 1938 günü yapılan sorgulama sırasında, tutuklandığı güne kadar karşı devrimci teşkilâta üye olduğuna dair daha önce verdiği ifadeyi kabul eder. Askerî mahkeme tutanaklarında ise şu ibare yer almaktadır: “Gâzi Âlim Yunusov suçunu itiraf ediyor, sorgulama sırasında verdiği ifadeleri onaylıyor, sadece casusluk faaliyetlerini kabul etmiyor, bunun bir iftira olduğunu söylüyor.”