Натурфилософские идеи проявились и в период средневековья, когда отдельные элементы античной натурфилософии были приспособлены к религиозным представлениям (например, к религиозному истолкованию происхождения мира, как в христианской, мусульманской или иудейской традициях).
Всплеск натурфилософских представлений наблюдался в эпоху Возрождения. Тогда были использованы многие идеи античной натурфилософии, но обогащенные данными современного тому периоду естествознания. В понимании природы господствовали идеи гилозоизма (всеобщей одухотворенности природы) и пантеизма (растворенности божественного начала в природе); учитывался принцип тождества микро-и макрокосмоса; был выдвинут принцип целостного рассмотрения природы и ряд других предположений. И все-таки стремление к овладению силами природы порождало увлечение оккультными науками: расцвели алхимия и астрология.
В XVII веке начинается бурный процесс дифференциации наук: математика и механика выделяются из натурфилософии. Затем этот процесс коснулся и других естественнонаучных дисциплин. Умозрительное истолкование природы при этом не исчезло, а продолжало существовать, возродившись с новой силой в немецкой классической философии. Так, в философии Шеллинга была предпринята попытка на основе объективного идеализма обобщить достижения современного естествознания (им была выдвинута идея полярности как принципа дифференциации первоначального единства природы, а также рассмотрена идея развития высших форм из низших).
Положения натурфилософии использовались и в конце XIX – начале XX века В. Оствальдом, Х. Дришем, Т. Липпсом для преодоления кризиса, возникшего в новейшем естествознании. Элементы натурфилософии имели место в теории эмерджентной эволюции, «критической онтологии» Н. Гартмана и др.
И вместе с тем, в связи с интенсивным развитием естественных наук, накоплением естественнонаучных знаний натурфилософский период можно считать преодоленным. Еще в эпоху Возрождения с появлением экспериментального естествознания была показана несостоятельность натурфилософских представлений. «Новые взгляды на окружающий мир стали основываться на результатах и выводах естествознания соответствующей эпохи и стали поэтому называться