Судами и материалами дела было установлено следующее.
Общество представило 30 июля 2003 года в налоговый орган налоговую декларацию по земельному налогу за 2003 год с суммой к уплате 5 492 947 руб.
Данная сумма налога была уплачена в бюджет обществом платежными поручениями от 15.09.2003 № 5622 и от 15.11.2003 № 7449.
1 декабря 2003 года и 2 февраля 2004 года в связи с уменьшением площадей земельных участков обществом были представлены уточненные налоговые декларации по земельному налогу за 2003 год, в соответствии с которыми размер налоговых обязательств по земельному налогу был скорректирован в сторону уменьшения (до 4 441 458 руб. и до 3 431 378 руб. соответственно).
Сложившаяся переплата по земельному налогу за 2003 год была зачтена налоговым органом в счет налоговых обязательств по уплате земельного налога за 2004 год (712 208 руб.) и за 2005 год (в размере 410 238 руб.) в порядке п. 4 ст. 78 НК РФ.
Актами сверки расчетов от 31.01.2006 № 358 и от 12.01.2007 № 969 налоговым органом было подтверждено наличие переплаты общества по земельному налогу в сумме 943 082,34 руб.
Общество обратилось 4 апреля 2007 года в налоговый орган с заявлением о возврате суммы излишне уплаченного земельного налога в размере 943 082,34 руб., образовавшейся в результате представления уточненной декларации за 2003 год с суммой налога к уменьшению.
Налоговый орган решением от 13.04.2007 № 1721 отказал обществу в возврате вышеуказанной суммы в связи с пропуском трехгодичного срока для обращения в налоговый орган с заявлением о возврате излишне уплаченного налога (п. 8 ст. 78 НК РФ).
В августе 2007 года общество обратилось в суд с заявлением о возврате налога, излишне уплаченного в 2003 году.
В соответствии со ст. 274, 286 АПК РФ суд кассационной инстанции, изучив материалы дела, проанализировав доводы кассационной жалобы и отзыва, заслушав представителей сторон, проверив правильность применения судом норм материального и процессуального права, пришел к следующим выводам.
Суд первой инстанции, отказывая в удовлетворении заявленных обществом требований и указывая на истечение срока давности для обращения общества в суд с настоящим заявлением, исходил из того, что поскольку общество самостоятельно исчислило сумму налога, самостоятельно ее уплатило, то оно должно было знать и знало об образовавшейся у него переплате уже в день представления в налоговый орган уточненных деклараций (1 декабря 2003 года, 2 февраля 2004 года).
Апелляционная инстанция, отменяя решение суда и принимая по делу новый судебный акт, указала, что в рассматриваемом случае окончательную сумму переплаты общество узнало 31 января 2006 года из акта сверки расчетов, в связи с чем обращение в суд с заявлением 30 августа 2007 года о возврате налога было произведено обществом в пределах трехлетнего срока исковой давности.
Суд