Как религиозный мыслитель, Вышеславцев обращается, прежде всего, к анализу взаимосвязи систем ценностей с религией. С его точки зрения, «всякая великая религия содержит в себе и открывает некоторую систему ценностей; иначе говоря, устанавливает некоторое этическое учение. И совершенно неверно, будто все религии открывают одни и те же ценности и совпадают в своих этических учениях»[78].
Несомненно, что религия на протяжении тысячелетий выступала как доминирующий социальный институт, в рамках которого утверждались одни ценностные системы и отторгались другие. Почему это было возможно? Как подчеркивает Вышеславцев, «только религия открывает святыни и ценности», «только религия может знать, что внушать», «она учит о том, какие внушения ценны и неценны, какие суть плевелы и какие – пшеница». Вместе с тем, религии различаются в аксиологическом плане: «совсем иное внушает Будда, совсем иное внушает Христос. Жизнь, культура, история, развитие индивидуальности – получают совершенно иное направление под влиянием этих внушений». Он отмечал, что дело идет о выборе пути для всей жизни, как индивидуальной, так и соборной. И это – «вопрос жизни и смерти». Практически все «зависит от того, какую систему ценностей мы признаем своей абсолютной "святыней": "где сокровище ваше, там и сердце ваше"»[79].
Проблема нетождественности систем ценностей разных религий стала предметом специального анализа Вышеславцева. В частности в работе «Значение сердца в религии» он подчеркивает, что глубокая противоположность между христианством и индуизмом