В течение 1944–1945 гг. в ликвидации «лесных братьев» участвовали семь пограничных полков: сначала 94-й, 95-й, 97-й, 23-й, а затем 113-й, 115-й и 116-й. Первые четыре из них участвовали в контрпартизанской борьбе до февраля 1945 г., затем 23-й полк направили для охраны побережья Балтийского моря, охранять границу между Литвой и Восточной Пруссией назначили 97-й и, частично, 95-й полк. А обеспечивать непроходимость границы между Литвой и Польшей возложили на 94-й и 95-й полки. Эти подразделения, численностью до 1000 человек, боролись с «лесными братьями» в пограничной полосе шириной 50–70 км, а также ловили тех, кто пытался тайно перейти сухопутную границу. К концу 1947 г., когда граница была полностью оснащена инженерно-техническими средствами охраны, оборудована минными полями и размещены пограничные посты, нелегально пересечь ее стало очень опасно. Это привело к тому, что западные разведки были вынуждены забрасывать своих агентов морским или воздушным путем.
Части и подразделения 4-й стрелковой дивизии внутренних войск НКВД (при содействии соединений и частей Советской армии) участвовали с 1944 по 1945 год в 1764 операциях и 1413 боевых столкновений. В ходе них было убито и захвачено в плен 30 596 повстанцев и собрано 17 968 единиц стрелкового оружия.
Прибалтийские историки выделяют три этапа борьбы войск советской госбезопасности с повстанцами.
Первый этап продлился с 1944 по 1945 год. В это время советское командование активно использовало так называемую тактику «Каменного казака» «Tartar-Cossak». На практике это означало проведение контрпартизанских операций на территории всей республики.
Второй этап начался в марте 1946 г., когда войска были размещены в более чем 200 гарнизонах, и закончился в 1948 г., когда были подавлены основные очаги сопротивления повстанцев.
Третий этап начался в 1949 г., когда большинство населения Литвы начало поддерживать советскую власть.
Непосредственное участие в облавах, обысках и арестах принимали не все военнослужащие полков НКВД, средняя численность каждого из которых – примерно 1500 солдат и офицеров. Из них только 700–800 человек участвовали в боевых операциях. Остальные охраняли штаб полка и командование трех батальонов, а также служили в вспомогательных подразделениях: связь, транспорт, медицина, снабжение и т. п.[116]
По-другому, выглядела ситуация с пограничными полками. Они имели постоянные места дислокации. Каждый полк состоял из трех батальонов (каждый численностью 300 человек). Соответственно, каждый батальон из трех рот (в каждой от 60 до 70 человек). Три взвода (в каждом от 15 до