Разумеется, каждый из этих двенадцати монастырей имел особую историю, иногда уходившую, как говорится, «во тьму веков». Наиболее древними из них были три. В Вологодской епархии – Успенский Горний монастырь, основанный в 1560 году (по другим данным, он был создан в 1590 году при царе Феодоре Иоанновиче); в Архангельской епархии – Холмогорский Успенский и Шенкурский Свято-Троицкий монастыри, точное время основания которых неизвестно, поскольку они сформировались из женских общин, существовавших задолго до придания им статуса женских обителей.
Официальной датой основания Холмогорского Свято-Успенского монастыря считается 1687 год, когда на месте странноприимницы, основанной первым архиепископом Холмогорским и Важским Афанасием (Любимовым), был образован женский монастырь, первой настоятельницей которого стала мать владыки, инокиня Марфа. Однако имелись сведения о том, что женская монашеская община в Холмогорах существовала с XVII века, то есть еще до учреждения Холмогорской и Важской епархии – хотя о том периоде ее деятельности не сохранилось ни письменных, ни устных известий. Автор «Исторического описания Холмогорского монастыря», диакон А. Фирсов, упоминает, что община была основана по благословению некоего новгородского митрополита, предположительно – митрополита Никона (впоследствии патриарха), который «в 1652 году, проездом в Соловецкий монастырь, был несколько дней в Холмогорах» [52]. В связи с этим предположительным временем основания женской монашеской общины в Холмогорах мог стать 1652 год. Впрочем, с учетом того, что ко времени, когда архиепископ Афанасий основал в Холмогорах монастырь, эта община распалась, правильнее считать датой открытия Холмогорской женской обители все-таки именно 1687 год.
Датой основания Шенкурского монастыря считается 1664 год, когда инокиня Марфа