С 1252 г. в судах Инквизиции для раскрытия ереси было разрешено применять пытку. В 1256 г. право подвергать пленника пытке было предоставлено непосредственно самому инквизитору (до этого лица духовного звания не могли присутствовать при пытке и принимать в ней участие). Инквизицией был принят определенный порядок применения пытки, который, как правило, не исполнялся. По правилу пытка могла применяться только один раз, но в случае необходимости повторения пытки принималось решение о ее продолжении (а не о повторении). Всякое признание, добытое в застенке, потом должно было быть подтверждено. Обыкновенно пытка применялась до тех пор, пока обвиняемый не выражал желания сознаться; тогда его развязывали и вносили в соседнюю залу, где выслушивали его признания либо подтверждение признаний, сделанных в комнате пыток. Признание записывалось в протокол с отметкой, что оно сделано добровольно, без угроз и принуждения. Если обвиняемый отрекался от своего признания, то его можно было снова подвергнуть пытке (продолжить пытку) с целью «отречься от своего отречения», за исключением случаев, когда решали, что он уже был «достаточно» подвергнут пытке. Отречение от признаний рассматривалось в качестве клятвопреступления, свидетельствующего о том, что обвиняемый – нераскаявшийся еретик, которого следует выдать светским властям.
Столь подробное описание судопроизводства в судах инквизиции приведено в данной работе намеренно: суд инквизиции постепенно стал оказывать влияние и на светские суды, следствием чего стали изменение существовавшей процедуры судопроизводства, переход к новому виду розыскной формы процесса – процессу инквизиционному, во многом вобравшему в себя те правила и процедуры, которые были свойственны классической инквизиции. Судопроизводство по типу инквизиционного розыска появляется в России в эпоху правления Петра I. В период становления абсолютизма, сопровождавшийся многочисленными крестьянскими восстаниями, суд призван был стать быстрым и решительным орудием в руках государства для пресечения всякого рода попыток нарушить установленный порядок. В задачи судебных органов входило не столько установить истину, сколько предотвратить нарушения царской, государевой воли (общая превенция достигалась путем устрашения). Этой цели вполне соответствовало положение,