Некоторое время при советской власти продолжало действовать Человеколюбивое общество, управлявшееся канцелярией упраздненного совета. Сохранившиеся документы этого периода не дают полного представления о том, как работала канцелярия и в каком положении оказались благотворительные общества и учреждения призрения общества, разбросанные по территории России. По имеющимся данным можно сделать вывод, что служащие канцелярии всячески старались сохранить порядок в документах и финансах. Понимая, что в новых условиях прежнее существование Человеколюбивого общества не возможно, комитет служащих канцелярии принял решение передать органам Советской власти учреждения призрения, финансовые средства и делопроизводство. В июне 1918 г. Комитет разослал в подведомственные учреждения циркуляр, требовавший подготовиться к ревизии со стороны комиссариата социального обеспечения. В документах фонда Императорского Человеколюбивого общества в РГИА нет сведений о том, в каком состоянии в то время было положение дел в учреждениях общества. Вряд ли эта ревизия вообще могла быть проведена, когда в России уже шла гражданская война. В лучшем случае можно было обследовать петроградские учреждения, но и о них сведений нет.
Осенью 1918 г. началась ликвидация Человеколюбивого общества как самостоятельной структуры. На общем собрании служащих канцелярии 25 сентября была создана специальная комиссия для подготовки делопроизводства к передаче в наркомат соцобеспечения. В начале октября эта комиссия получила распоряжение наркома соцобеспечения, которым в целях «объединения