K 2000 г. в Русской Православной Церкви существовало 5 духовных академий: Московская (с 1685 г.), Санкт-Петербургская (с 1797 г.), Киевская (с 1701 г.), Минская (с 1996 г.), Молдавская (с 1997 г.). Ведущими учебными заведениями Русской Православной Церкви являются Московская и Санкт-Петербургская духовные академии, располагающие наиболее квалифицированным преподавательским составом.
Первое высшее учебное духовное заведение в России возникло в 1615 г. в виде школы при киевском Братском монастыре, предназначенной для изучения риторики, богословия, латинского и греческого языков. Киевский митрополит свт. Петр (Могила) (1633–1646) преобразовал ее по образцу польских иезуитских коллегий и поместил сначала в Киево-Печерской Лавре, затем в Братском монастыре. С 1632 г. школа называлась Киево-Могилянской коллегией, в ней преподавались арифметика, поэзия, риторика, философия, богословие, нотное пение, катехизис, церковнославянский, латинский и греческий языки. По указу Петра I 26 сентября 1701 г. она была преобразована в Киевскую академию, получила царское жалованье и утверждение прежних ее прав и преимуществ. С этого времени был расширен курс наук: введены естественная история, география и математика, немецкий, французский и древнееврейский языки. Киево-Могилянская коллегия и Киевская академия сыграли решающую роль в становлении системы духовного образования в России.
12 декабря 1685 г. по рекомендации Иерусалимского патриарха Досифея и по благословению Московского патриарха Иоакима греческими монахами, учеными-богословами братьями Софронием и Иоанникием Лихудами в Москве была основана духовная школа, которая находилась сначала в Богоявленском, потом в Заиконоспасском монастыре. В ней преподавались на латинском и греческом языках грамматика, пиитика, риторика, логика и физика. Школа Лихудов явилась основой славяно-греко-латинской академии, впоследствии преобразованной в Московскую духовную академию. Из Славяно-греко-латинской академии были взяты первые русские студенты в университет, существовавший в Санкт-Петербурге при Академии наук, а также студенты в открывшийся в 1755 г. Московский университет. В 1812 г. Московская духовная академия была переведена в Перервинский монастырь под Москвой, а в 1814 г. – в Троице-Сергиеву Лавру, где находится и поныне, сохраняя название Московской.
Санкт-Петербургская