7 июня 1990 г. на Поместном Соборе Русской Православной Церкви избран Патриархом Московским и всея Руси, 10 июня того же года в кафедральном Богоявленском соборе Москвы состоялась интронизация. До 11 августа 1992 г. продолжал возглавлять Таллинскую епархию, управляя ею через викарного епископа Таллинского Корнилия (Якобса).
После того как Святейший Патриарх довел до сведения Президента СССР критическое отношение Поместного Собора к проекту нового закона «О свободе совести и религиозных организациях», была достигнута договоренность об участии представителей Русской Православной Церкви и других религиозных общин в дальнейшей работе над законопроектом. Это благоприятно отразилось на содержании союзного закона, принятого 1 октября 1990 г., и российского закона «О свободе вероисповеданий», принятого чуть позже. Этот закон не предусматривал существования Совета по делам религий; вместо него в Верховном Совете была образована Комиссия по свободе совести и вероисповеданиям. По просьбе Святейшего Патриарха в 1991 г. день празднования Рождества Христова был объявлен выходным.
В конце сентября – начале октября 1993 г., во время противостояния исполнительной и законодательной властей, в Даниловом монастыре по инициативе Патриарха Московского и всея Руси и при посредничестве священноначалия Русской Церкви состоялись переговоры представителей противоборствующих сторон, которые, хотя и не привели к соглашению, но способствовали предотвращению полномасштабной гражданской войны. Со времени интронизации Святейшего Патриарха стали регулярно проводиться заседания Священного Синода, на которых решались насущные внутрицерковные проблемы, были созданы новые синодальные отделы и комиссии, способствующие расширению сферы деятельности Русской Православной Церкви: по религиозному