Много трудностей испытал первосвятитель в первые годы управления Русской митрополией. В страдавшей под татарским игом Русской земле не было твердого порядка, и святителю Петру приходилось часто менять места своего пребывания. В этот период особенно важны были труды и заботы святителя об утверждении в государстве истинной веры и нравственности. Во время постоянных объездов епархий он неустанно поучал народ и духовенство о строгом хранении христианского благочестия. Враждовавших князей он призывал к миролюбию и единству. В 1312 году святитель совершил поездку в Орду, где получил от хана Узбека грамоту, охранявшую права русского духовенства. В 1325 году святитель Петр по просьбе великого князя Иоанна Даниловича Калиты (1328–1340) перенес митрополичью кафедру из Владимира в Москву. Это событие имело важное значение для всей Русской земли. Святитель Петр пророчески предсказал освобождение от татарского ига и будущее возвышение Москвы как центра всей России. По его благословению в Московском Кремле в августе 1326 года был заложен собор в честь Успения Пресвятой Богородицы. Это было глубоко знаменательное благословение великого первосвятителя Русской земли.
21 декабря 1326 года святитель Петр отошел к Богу. Святое тело первосвятителя было погребено в Успенском соборе в каменном гробу, который он сам приготовил. Множество чудес совершилось по молитвам угодника Божия. Многие исцеления совершались тайно, что свидетельствует о глубоком смирении святителя даже после смерти. Глубокое почитание первосвятителя Русской Церкви со дня его преставления утверждалось и распространялось по всей Русской земле. Через тринадцать лет, в 1339 году, при святителе Феогносте, он был причтен к лику святых. У гроба святителя князья целовали крест в знак верности великому князю Московскому. Как особо чтимый покровитель Москвы святитель призывался в свидетели при составлении государственных договоров. Новгородцы, имевшие право избирать себе владык у Святой Софии, после присоединения к Москве при Иоанне III клятвенно обещали ставить своих архиепископов только у гроба святителя Петра чудотворца. При гробе святителя нарекались и избирались русские первосвятители.
О нем постоянно упоминают русские летописи, ни одно значительное государственное начинание не обходилось без молитвы у гроба святителя Петра. В 1472 и 1479 годах совершалось перенесение мощей святителя Петра. В память этих событий установлены празднования 18 (5) октября и 6 сентября