Накануне войны НКГБ Литовской ССР располагал обширной и достоверной информацией о тесных связях литовских националистов с командованием вермахта и со спецслужбами фашистской Германии. В частности, органами госбезопасности Литовской ССР была перехвачена листовка литовского информационного бюро в Берлине от 19 марта 1941 года, которая призывала население Литвы к подготовке вооруженного восстания против советской власти, приуроченного к моменту нападения Германии на СССР.
«Час освобождения Литвы уже близок, – говорилось в этой листовке. – Когда начнется поход с Запада, Вы в этот же момент будете информированы… В это время в городах, местечках и деревнях порабощенной Литвы должны возникнуть местные восстания, точнее говоря, взятие власти в свои руки. Сразу надо арестовать местных коммунистов и других предателей Литвы, чтобы они не избежали расплаты за свои действия (предатели будут только тогда помилованы, когда они сумеют доказать, что они ликвидировали хотя бы по одному еврею)… Там, где вы еще не подготовлены, организуйтесь маленькими тайными группами. Когда начнутся военные действия, в тылу будут выброшены парашютисты. Немедленно установите с ними связь и помогайте им… Через деревни и города будет маршировать немецкая армия. В ее рядах будет много знакомых вам соплеменников. Встречайте всех одинаково мило и сердечно, оказывайте им нужную помощь… Уже сейчас «информируйте» евреев, что их судьба ясна, поэтому пусть сегодня же убираются из Литвы. В решительный момент берите их имущество в свои руки, чтобы ничего не пропало»68.
Созданием вооруженных отрядов руководил «Фронт литовских активистов» (ФЛА), о чем также стало известно советским органам госбезопасности. Еще 19 марта 1941 года Каунасский подпольный комитет ФЛА опубликовал призыв ко всем вооруженным группировкам ФЛА – таким как «Гвардия защиты Литвы», «Отряд освобождения Литвы», «Батальон смерти» и другим, в котором говорилось: «После начала похода с запада вы в ту же минуту будете проинформированы по радио или другим способом. В тот момент в селах, городах порабощенной Литвы должны произойти восстания, или, говоря по правде, захват власти в свои руки»69. Уже один этот призыв свидетельствует о том, что ФЛА был тесно связан с германскими спецслужбами и заранее знал о предстоящей войне, ожидая лишь сигнала к действию.
А 30 марта 1941 года по указанию ФЛА были созданы подпольные вооруженные отряды «Охраны национального труда» (ОНТ) (лит.: Tutinio darbo apsauga, TDA), ставшие после начала войны основой для литовских отрядов «самообороны» в Каунасе70. Их костяк составили бывшие военные, полицейские, члены довоенной литовской национальной гвардии «Шаулю Саюнга», а также молодежных организаций «Яунои Лиетува», «Саванорю Саюнга», «Нео Литуания» и др.71
К лету 1941 года многие организации националистов, в частности почти весь Вильнюсский комитет ФЛА, были ликвидированы советскими органами госбезопасности весной 1941 года72.