В книге Скарги и в других писаниях иезуитов средством для введения унии предлагались решительные действия светских властей против русских.
Сигизмунд III твердо поддержал идею унии. Православные церкви в Речи Посполитой были организационно ослаблены. Ряд православных иерархов поддался на посулы короля и католической церкви.
24 июня 1594 г. в Бресте был созван православный церковный собор, который должен был решить вопрос об унии с католической церковью. Сторонникам унии правдами и неправдами удалось принять 2 декабря 1594 г. акт унии. Уния расколола русское население Речи Посполитой на две неравные части. Большинство русских, включая и шляхтичей, и магнатов, отказалось принять унию.
29 мая 1596 г. Сигизмунд III издал манифест для своих православных подданных о совершившемся соединении церквей, причем всю ответственность в этом деле брал на себя.
Повсеместно начались гонения на русских, сохранивших верность православию. Православных священников изгоняли, а церкви передавали униатам.
Православные шляхтичи во главе с князем К. К. Острожским и протестанты во главе с виленским воеводой Криштофом Радзивиллом решили бороться с унией старым легальным способом – через сеймы. Но католическое большинство при сильной поддержке короля на сеймах 1596 г. и 1597 г. сорвало все попытки диссидентов отменить унию. В итоге к уже существующей межконфессиональной розни добавился и конфликт между униатами и православными. Да и вообще, Сигизмунд был человеком из другого мира, чуждый не только своим русским подданным, но и польским панам. Он носил бородку клином, как его современник, жестокий и подозрительный испанский король Филипп, с которого Сигизмунд во многом брал пример. Вместо простого кафтана и высоких сапог, какие носил Баторий и другие польские короли, Сигизмунд одевался в утонченные западные одежды, в чулки и туфли.
В ноябре 1592 г. умер шведский король Иоанн III. Сигизмунд III отпросился на год у сейма, чтобы уладить свои наследственные дела. Он короновался шведской короной в Упсале. Побыв несколько месяцев в Швеции, Сигизмунд отправился в Польшу, поручив управление страной регенту – своему дяде Карлу Зюдерманландскому (1530–1611).
На родине Сигизмунд популярностью явно не пользовался. Масла в огонь подлила и женитьба Сигизмунда на католичке австрийской принцессе. С отъездом Сигизмунда в Польшу власть в Швеции постепенно стала переходить к его дяде герцогу Карлу Зюдерманландскому. В 1594 г. он официально был объявлен правителем государства.
В ответ Сигизмунд собрал польские войска и начал боевые действия со Швецией. Он высадился непосредственно на территории Швеции, но в 1597 г. был наголову разбит в битве при Стонгебру. Одновременно начались и боевые действия в Эстляндии, которые шли до 1608 г. с переменным успехом.
Сигизмунд III успел поссориться и с запорожскими казаками. На сейме 1590 г. король потребовал ограничить число казаков