Очень долгое время это разногласие никому не мешало. Когда в 691–692 гг. на Трулльском Соборе епископы занялись сведением воедино и кодификацией постановлений предшествующих Соборов, они подтвердили авторитетность и Лаодикийского, и Карфагенского Поместных Соборов, но не указали, какому списку книг нужно следовать. Но помимо этих двух Соборов, они ссылаются и на текст под названием «Апостольские постановления». В их 85-м (тоже последнем) правиле приводится список канонических книг, причем Новый Завет там представлен без Откровения, зато с двумя посланиями Климента Римского.
Возникает ощущение, что точный состав Библии отцы рассматривали далеко не в первую очередь и даже не особенно старались устранить явные расхождения: в подобном каноне просто не было особенной практической надобности. Правила Лаодикийского и Карфагенского Соборов не проводят никакой границы между истинными и еретическими книгами, а всего лишь определяют, какие книги могут читаться в церкви в качестве Писания. Если в одной церкви будут читать Откровение Иоанна Богослова, а в другой нет, в этом расхождении не будет ничего страшного, лишь бы место этой книги не заняло какое-нибудь еретическое сочинение.
Ожесточенные споры разгорелись на Западе уже в эпоху Реформации, и касались они лишь Ветхого Завета. Впрочем, это были споры не только о точном составе библейского канона, но и о его значении. Протестанты говорили при этом об исключительном авторитете Писания, принципиально отличающегося от всех остальных книг. Если так, то вопрос о том, что входит, а что не входит в Писание, становится действительно жизненно важным. Например, католические богословы в поддержку идеи чистилища (и вообще идеи о том, что земная Церковь может повлиять на посмертную участь ее членов) приводили рассказ 2-й Маккавейской книги (12, 39–45) о принесении Иудой Маккавеем очистительной жертвы за умерших собратьев. Для католиков эта книга входит в состав Писания, а следовательно, молитва за умерших Библией предписана. Но, с точки зрения протестантов, эта книга не библейская, и даже если сама по себе она хороша и интересна, то утверждения ее автора не имеют вероучительного авторитета.
Православный мир не знал столь масштабных и принципиальных споров по поводу достоинства книг Товита, Иудифи и т. д. В результате сложилась ситуация, когда православные, следуя Лаодикийскому Собору, признают каноническими те же книги, что и протестанты, но включают в свои издания Библии и неканонические книги, как католики. Таким образом, библейский канон оказывается