Но данный режим имеет и очевидные недостатки. Селезнева И.А., Селезнев Н.В. в качестве недостатков единого сельскохозяйственного налога называют снижение количества потенциальных потребителей сельхозпродукции ввиду невозможности применения НДС к вычету7. По мнению автора, подобная проблема могла бы быть решена за счет появления добровольного порядка применения НДС при использовании единого сельскохозяйственного налога.
По мнению автора, к недостаткам ЕСХН можно отнести невозможность кооперации нескольких хозяйств, в том числе с обрабатывающими предприятиями для целей производства и реализации сельхозпродукции. В настоящее время такая кооперация не предусмотрена и предполагает утрату права на применение льготной ставки налога. Однако в условиях кризиса многие сельхозпроизводители вынуждены использовать товарообменные операции, бартерные сделки, кооперацию и постоплатные схемы последующей реализации продукции, такие как передачу на переработку сельхозпродукции с оплатой после реализации уже произведенных товаров. Создание совместно работающих предприятий как сельхозпроизводителей, так и переработчиков продукции при сохранении права на применение единого сельскохозяйственного налога позволило бы значительно увеличить конкурентоспособность сельхозпроизводителей.
Одновременно к недостаткам сельскохозяйственного налога необходимо отнести кассовый метод признания доходов и расходов, в то время как другие компании применяют метод начисления, что говорит о разнице в признании доходов и расходов. При использовании кассового метода согласно статье 273 НК РФ дата поступления дохода считается днем поступления денежных средств на счет или в кассу, вместе с тем, продукция может быть в данную дату еще не отгружена, имущественные права фактически не переданы, и в этой связи нельзя говорить о передаче качественного товара, работы или услуги. Кассовый метод в целом ряде случаев требует пересчета налоговой базы при взаиморасчетах между контрагентами, кроме того применение различных методов признания доходов и расходов контрагентами предполагает