19 ноября (2 декабря) в Могилев прибыл генерал-майор Одинцов, с ведома Совнаркома командированный Генеральным штабом «для ориентации Ставки в обстановке в Петрограде для соглашения Ставки с Петроградом» [19]. После встречи генерала Одинцова с выступавшим от Ставки поручиком В. Шнеуром генерал передал назначенному Совнаркомом главнокомандующим Николаю Крыленко, что «Ставка сдается» и он «может свободно приехать для вступления в должность». Новый главнокомандующий прибыл 20 ноября (3 декабря).
Арестованного Духонина должны были отправить в Петроград, для чего поместили в поезд командующего на станции Могилев. По свидетельству Одинцова, Крыленко отдал охране строгий приказ о предотвращении эксцессов – если понадобится, даже пулеметным огнем – и направился в Ставку, но должен был вернуться, так как на станции возникла опасность самосуда над Духониным. Сначала Крыленко удалось уговорить толпу разойтись, удовлетворившись выдачей ей сорванных с генерала погон. Но вскоре депутация матросов вновь потребовала выдачи ей самого Духонина. Пока Крыленко уговаривал депутацию, вооруженная толпа начала штурм вагона с противоположной стороны [20].
Популярная правая газета «Киевлянин» со ссылкой на газету Рябушинских «Утро России» сообщила 28 ноября (11 декабря), будто в момент убийства в толпе находился матрос, никому не известный; на самом деле – переодетый матросом офицер австрийской службы. В номере от 7(20) декабря один из авторов «Киевлянина» уточнил, будто судьбой Духонина распорядился германский шпион Тауэр (или Тоулер) «из числа 18 немецких офицеров, заседавших в Смольном при обсуждении и исполнении захвата власти большевиками». Издатель «Киевлянина» В. В. Шульгин в своих поздних воспоминаниях утверждал, будто узнал об этом в ноябре 1917 года от некоего приехавшего из Ставки генерала «по медицинской части» [21]. Соратники Духонина, похоже, не разделяли конспирологической версии его гибели [22].
«Матросы отряда Павлова, несмотря на мою попытку с риском [для] собственной жизни, вырвали Духонина и убили, – передал Крыленко 21 ноября (4 декабря) по прямому проводу в Петроград. – Сейчас с трудом поддерживаю порядок. Боюсь самочинных действий. Вызываю войска литовского эшелона» [23].
24 ноября (7 декабря) Николай Крыленко не без смущения сообщал Льву Троцкому: «В связи с убийством Духонина необходимо юридическое оформление дела, акт дознания по моему предложению совершен. Тело отправлено в Киев. Если передать дело судебному следователю, обязательно вскрытие