В середине 1991 г. со своим крайним национализмом Шешель занял место Драшковича в авангарде национальной сербской политики. Высказываемая им на центральном государственном телевидении ультрашовинистская позиция (от фраз, что с хорватами надо расправляться ржавыми ложками, до открытых заявлений о выдворении хорватов из Сербии) в военные времена послужила для общественности своего рода тестом на выдержку. Хотя коалиция с СПС так и не получилась, Шешель и на республиканском, и на союзном уровне выполнял за Милошевича всю «черную работу» (например, смещение с поста союзного премьера Милана Панича и президента СРЮ Добрицы Чосича). За все эти услуги Милошевич назвал лидера СРП своим любимым оппозиционером.
Конфликт между Шешелем и Милошевичем произошел в конце апреля 1993 г., когда президент Сербии принял план Вэнса – Оуэна по Боснии. В этой политической комбинации Шешель стал балластом для Милошевича, кроме того, в то время уже начались трения между властью и радикалами. Сам председатель СРП о разрыве с Милошевичем говорил следующее: «Если бы мы открыто против него не выступали, наших людей не арестовывали бы. Мы отдавали себе отчет в том, что Сербия каким-то непостижимым образом симпатизирует ему… С точки зрения наших партийных интересов, тоже не следовало бы его трогать. Но мы должны были „ударить его в лоб“, чтобы больше не было арестов наших людей».
С тех пор Шешель стал самым ярым противником Милошевича и даже на четыре месяца в 1994 г. попал в тюрьму за свои резкие высказывания. Помимо личного противостояния Милошевичу Шешель оппонировал политике правящей партии: верный своей цели «Сербия от Неготина до Книна», он всегда поддерживал руководство боснийских сербов, когда оно отвергало мирные планы мирового сообщества.
Этот краткий обзор показывает, что в военные годы три из пяти парламентских оппозиционных партий попытались обрести свою идентичность, встав на крайние националистические позиции, обвиняя Милошевича в национальном предательстве и настаивая на «объединении всех сербских земель». Такая политика полностью соответствовала их программам, которые, как говорилось выше, предусматривали создание сербского государства в случае распада Югославии. Однако ДП и отчасти ДПС в реальной политической деятельности были партиями гражданского центра, поэтому их переход к национализму изменил их сущность и привел к перестановкам на сербской политической сцене. Создав сильный правый блок, они образовали пространство, в которое в августе 1994 г. Слободан Милошевич вошел как миротворец. Впрочем, поворот Милошевича к политике мира был возможен еще и потому, что центристские партии не оспаривали смысл, цели войны и ответственность Милошевича, но в поисках собственного лица и в погоне за поддержкой избирателей представлялись партиями, которые войну повели бы лучше. Оставляя за Милошевичем «мир», оппозиционеры замкнули круг сербского политического позора, исключая возможность какого-либо катарсиса.