Для аварцев и цахуров, проживающих в северо-западной части Азербайджана, возникновение государственной границы само по себе не имело столь фатальных последствий. Их зона расселения хотя и примыкает к Дагестану, но отделена от него высоким в той местности Большим Кавказским хребтом, поэтому говорить о существовании какой-то единой этнической общности, которую бы разделила государственная граница, в данном случае не приходится. Однако первые годы существования независимого Азербайджана вызвали крутой перелом в судьбе и этих дагестанских народов. Исторически многонациональные Закатальский и Белоканский районы столкнулись с политикой тотальной «тюркизации», проводимой протурецким Народным фронтом Азербайджана, правившим страной в 1992–1993 годах, при президенте Абуль-фазе Алиеве (Эльчибее).
В начале 1990-х годов было как минимум два фактора, которые работали на обострение межэтнических противоречий в Северном Азербайджане.
Во-первых, рост национального самосознания коренных народов самого Дагестана. Даже проживающие в Азербайджане аварцы, отделенные от своих дагестанских сородичей Большим Кавказским хребтом, осознавали единство с теми, кто участвовал в создании национально ориентированных аварских организаций в Дагестане.
Во-вторых, религиозный фактор. Этнические азербайджанцы по вероисповеданию – мусульмане-шииты, тогда как дагестанцы в подавляющем большинстве мусульмане-сунниты. Впрочем, в первые годы после исчезновения СССР этот древний раскол ислама мог сыграть заметную роль лишь в тех районах Азербайджана, где живут аварцы: данный народ на протяжении советских времен сохранил довольно мощную исламскую традицию, выведенную из религиозного «подполья» в конце 1980-х годов. У лезгин исламский фактор, по единодушной оценке специалистов, играл меньшую роль, хотя в 2000-е годы лезгинско-азербайджанские осложнения, по оценкам дагестанских СМИ, уже имели и религиозную подоплеку (см. ниже).
«Лезгинский вопрос» в Азербайджане с начала 1990-х годов был связан в первую очередь