7 сентября в сражении за Польшу наступил перелом. Правительство страны тайно покинуло Варшаву и перебралось в Люблин, а затем в Кременец. Начались переговоры о возможности эмиграции его в Румынию. Главнокомандующий польской армией маршал Э. Рыдз-Смиглы со штабом укрылся в крепости Брест. Столица польского государства оказалась брошена на произвол судьбы. Поступил приказ о перебазировании остатков истребительной бригады из района Варшавы на любельский узел полевых аэродромов. Туда же вскоре отправилась и эскадрилья армии «Модлин». С этого дня столицу обороняли лишь единичные самолеты импровизированной группы.
10 сентября польская авиация вновь была реорганизована. Изменения проводились в направлении ограничения армейских ВВС и усиления авиации главного командования. Все сильно потрепанные в боях истребительные эскадрильи армий включили в состав истребительной бригады. В распоряжении наземных войсковых группировок остались лишь немногочисленные уже эскадрильи разведчиков и корректировщиков. Однако последующий ход событий показал, что перегруппировка и концентрация истребительной авиации не дала ожидаемого эффекта, так как в тот период ее деятельность была минимальна, ограничиваясь разведкой (из-за большой убыли самолетов-разведчиков «Люблин» R-XIII и LWS «Цапля») и случайными воздушными боями. Изношенная в воздушных сражениях техника быстро приходила в негодность. Не было запасных частей и двигателей. Постепенно истощались запасы топлива и боеприпасов, а военный транспорт со скромным тыловым обеспечением постоянно застревал на забитых беженцами дорогах. В конце концов было принято решение о переброске авиационных частей на румынский плацдарм – в область юго-восточной Польши для выполнения очередной перегруппировки и перевооружения на ожидаемые французские и английские самолеты. Сильно сокращенная потерями бомбардировочная бригада продолжала боевые действия, день за днем выполняя разведывательные и бомбардировочные полеты. 16 сентября она провела свои последние атаки немецких колонн в районах Влодава и Хрубишова. В этот день польское правительство бежало в Румынию, предоставив собственным войскам право сражаться самостоятельно. Вооруженные силы Польши практически прекратили организованное сопротивление. Но тем не менее некоторые патриоты еще около двух недель выполняли разведывательные полеты. Последний из них был совершен 4 октября поручиками Перункевичем и Водницким. Остатки польской авиации (включая учебные и гражданские самолеты) после окончания военных действий 17, 18 сентября были в большинстве своем эвакуированы за границу.
С 17 сентября фашистские ВВС начали массированные налеты на все еще непокорную столицу Польши. В этот же день Советский Союз ввел свои войска в западные районы Украины и Белоруссии, которые