Монгольские завоевательные походы начала XIII века завершились включением всего Южного Кавказа, в том числе Борчалы, в состав государства Эльханидов – улуса Хулагу-хана и его потомков. Позже, в результате похода в 1386 году на Грузию, кыпчакские поселения севернее Тифлиса подчинил эмир Тамерлан. В XIV–XV веках Грузия находилась в составе или под влиянием государств Гарагоюнлу и Баяндурлу (Аггойонлу). Начиная с XVI века, в ходе османо-сефевидских войн переходивший из рук в руки Борчалы в основном находился в сфере влияния Сефевидов. Является неоспоримой реальностью то, что в правление шаха Аббаса I (1587–1629) в Борчалы и другие земли нынешней Грузинской Республики были переселены тюрки-азербайджанцы, но вместе с тем нельзя отрицать и обратный процесс: шах Аббас I, зная о расположенности гарапапагов к османцам, жителей множества селений Борчалы – Газахского махала переселил в области (беглярбекства) Гянджи – Гарабаха и Ширвана.
Наиболее сложным периодом в истории Борчалы можно считать XVIII век. Это связано с тем, что во время «избрания» в феврале 1736 года шахом Надир-хана, свергшего с шахского трона Сефевидов и узурпировавшего власть, против выступил очень влиятельный род Зиядоглу, представители которого традиционно являлись беглярбеками (наместниками) Гянджи и Карабаха. Через год после этого злопамятный Надир-шах в отместку отнял у них земли Борчалинского и Газахского султанств и переподчинил своему вассалу, грузинскому царю Теймуразу II.
С распадом государства Надир-шаха после его убийства в 1747 г. в Азербайджане образовалось более двух десятков ханств и султанств, в том числе Борчалинское султанство. В состав султанства входили Гараязы (Гардабани), Сарван (Марнеули), Агбулаг (Тетрицкаро), Болниси, Дманиси, а также Джалалоглу, Барана, Ташир и Хамамлы, ныне как административные единицы находящиеся в составе Армении. Передача Борчалы сначала под управление царя Картли, а затем междоусобица между ханствами стали причиной переселения из Борчалы части тюркского населения. Этот процесс даже усилился после смерти в 1747 году Надир-шаха. Такое положение беспокоило царя Картли и Кахетии Ираклия II, опасавшегося обезлюдения податных селений, и он просил старшин селений не оставлять страну (18). Несмотря на просьбы царя, немало семей покинули родные земли и переселились в Турцию и Иран.
Переселение азербайджанцев из Грузии приняло более массовый характер после присоединения Южного Кавказа к России. Этот процесс с определенным усилением и ослаблением продолжался до установления советской власти в Грузии. Так, весной 1828 года более 800 семей гарагапаглы переселились из Борчалы в область Тебриза. При условии выплаты наместнику Азербайджана и наследному принцу Аббас Мирзе 12 тыс. тюменов золотом, а также службы в его войске 400 всадников со своим снаряжением они были поселены в регионе Сулдуз. Что касается Турции, то, по данным турецкого исследователя, профессора А.Б. Арджиласуна, прибывшие из Южного Кавказа беженцы поселились