У берегов Шотландии корабль «Благое предприятие» попал в страшную бурю. Ченслер погиб, а Непея спасся и достиг Лондона, где с большим почетом был принят королевой и правлением Московской компании. Королева Мария в благодарность за льготы, данные англичанам в Московском государстве, дала и русским купцам право свободно и беспошлинно торговать во всех своих владениях как оптом, так и в розницу. Королева обещала взять все имущество русских купцов под свое особенное покровительство и выделить им под склады в Лондоне хорошие дома. Мария также согласилась на свободный выезд из Англии в Россию художников и ремесленников, и Непея сразу же вывез многих мастеров, медиков, рудознатцев и других специалистов.
Обратно Непея плыл на английском корабле. 12 мая 1557 г. он покинул Туманный Альбион, а уже 13 июля корабль бросил якорь в заливе Святого Николая. Через два дня после отъезда Непеи в Россию повел свое судно Антон Дженкинсон, который прибыл в Россию 14 июля 1557 г. С этого времени британские суда почти ежегодно прибывали на Русский Север.
Московская компания, начавшая с капитала в 6000 фунтов стерлингов в 1555 г., быстро богатела. В 1564 г. ее капитал достиг 40 тысяч фунтов стерлингов, а в 1585 г. – уже 80 тысяч фунтов стерлингов. Компания приобретала недвижимость – дома, фактории, лавки. На так называемом Розовом острове напротив Николаевского Корельского монастыря она купила дом, где останавливались приезжавшие из Англии. В Холмогорах, по отчету Томаса Рандольфа 1568–1569 гг., «…англичане имеют свою собственную землю, пожалованную царем, и много хороших домов с конторами для собственного удобства». Дженкинсон в отчете 1569 г. Совету Компании пишет, что он 21 февраля «прибыл в наш дом, в Вологде». П. Челищев в своем «Путешествии по северу России 1791 г.» отмечает, что в 1623 г. в Архангельске было 7 иностранных хозяев домов, в 1678 г. – 24.
Еще в 1556 г. царь Иван пожаловал английским купцам «Юшков двор у Максима святого за торгом». Большие трехэтажные каменные хоромы были построены в конце XV века богатым купцом Иваном Дмитриевичем Бобрищевым по прозвищу Юшка. К 1551 г. дом уже числился в царской казне. Кроме того, англичанам было передано и еще несколько деревянных строений.
Юшков двор стал главным офисом Московской компании. Там же останавливались и британские послы.
Иван Грозный постоянно покровительствовал англичанам и даже среди бояр получил название «аглинский царь». Это покровительство ярко проглядывается в привилегиях, которые получала от него Московская компания с первых шагов своего существования и своих операций в России. В 1564 г. царем управляющему Компанией Вильяму Гаррарду была выдана привилегия, подтверждающая прежние права по вольной торговле и дающая разрешение на покупку домов в Вологде и Холмогорах: «…а такова грамота аглинским купцам дана в лето 7072 Сувельяну Гаруту (то есть сэру Вильяму Гаррарду) с товарыщи». В 1569 г. грамота дает право беспошлинной торговли, право свободного проезда в Персию, разрешение искать на реке Вычегде железную руду и построить