В XIV–XV веках продолжалось насильственное обращение финского населения в католическую веру. Однако в 1525 г. шведский король Густав Ваза вступил в конфликт с Римом. Ссора, как это обычно бывает, началась из-за «бабок». Густав испытывал большую нужду в деньгах и посягнул на церковную десятину. В итоге в Швеции в 1527–1537 гг. произошла реформация. В 1539 г. было введено новое церковное устройство. Король стал главой церкви. Церковным управлением ведал королевский суперинтендант с правом назначать и смещать духовных лиц и ревизовать церковные учреждения, включая сюда и епископства. Епископом Финляндии был назначен доминиканец Мартти Скютте, который присягнул на верность королю и обещал проповедовать слово Божие, а не папы.
В отличие от большинства европейских стран, реформация прошла на редкость спокойно. Католические монастыри в Финляндии были ликвидированы, а основная часть церковного серебра пошла в казну короля и его наместника в Финляндии. Народ же достаточно равнодушно относился к догмам католицизма и не пытался бунтовать за старую веру.
На Финляндию был распространен общий свод законов Швеции, принятый в 1347 г. и обновленный в 1442 г. Шведский язык был официальным. Финское население облагалось шведскими повинностями. Судьями назначались исключительно этнические шведы. Короли стремились заселить финские города и почти незаселенные районы вдоль границы с Россией шведами, а самих финнов считали «собственностью Бога, короля и шведской короны». В свою очередь за финнами закреплялось право участия в общешведских королевских выборах.
Перед смертью в 1560 г. король Густав Ваза передал королевский титул старшему сыну Эйрику, а остальным сыновьям дал крупные уделы (герцогства). Юхан получил Финляндию, Магнус – Восточную Готландию, а Карл – Зюдерманландию. При этом все герцоги должны были приносить присягу на верность своему старшему брату, который после смерти отца вступил на престол под именем Эйрика XIV.
Так впервые появился термин «герцогство Финляндское». Герцог получил право от имени короля решать все дела Финляндии по своему усмотрению, командовать финскими войсками, отражать нападения, блюсти границу и расширять территорию своих владений.
Финский язык, не имевший письменности, при шведах был языком крестьян и беднейших горожан. Первая книга на финском языке – «Азбука» – была издала в Германии в 1538 г. В ней приводился финский алфавит и краткие указания о произношении буквенных обозначений, а также азбучные постулаты христианства. В 1548 г. на финский язык был переведен Новый Завет.
Герцог Юхан женился на дочери польского короля Сигизмунда I Екатерине и начал проявлять сепаратистские тенденции. В результате Эйрик XIV отправил в Финляндию королевские войска. 12 августа 1563 г. Юхан был вынужден сдаться, его заточили в башне Грипсгольского замка. Свободу Юхан получил