3 июня того же года приказом по Генеральному штабу Б.М. Шапошников был причислен к Генеральному штабу и откомандирован в штаб Туркестанского военного округа. Выпускникам выдали пособие в 1300 рублей на первоначальное обзаведение лошадью со всей принадлежностью.
Свою учёбу в Академии Генштаба Борис Михайлович оценил так: «Нет сомнения, что она расширила теоретический кругозор, напитала знаниями, которые нужно было, как следует ещё переварить, а самое главное, найти применение им в жизни.
Профессор Данилов не раз говорил нам с кафедры, что настоящая учеба начнётся после окончания академии, и тот, кто остановится на тех знаниях, которые он вынес из академии, безвозвратно отстанет. Академия привила мне любовь к военной истории, научила извлекать из неё выводы на будущее. К истории я вообще всегда тяготел – она была ярким светильником на моём пути. Необходимо было и дальше продолжать этот кладезь мудрости».
Однако навыков в практической подготовке к службе в Генеральном штабе он считал недостаточными. «Слушатели были выпущены больше теоретиками, чем практиками. От нас самих уже зависело сделаться практиками. Но академия приучила нас к напряженной работе и к выполнению работы в указанный срок».
Отметим, что воспитанники академии, как и вся Русская армия, после революции разделились. В Красной армии служили: И.И. Вацетис, Н.Е. Какурин, А.А. Незнамов, В.Ф. Новицкий, А.А. Свечин, М.В. Свечников, А.Е. Снесарев, Б.М. Шапошников, Е.А. Шиловский… В Белом движении руководящие роли играли выпускники академии М.В. Алексеев, П.Н. Врангель, А.И. Деникин, Л.Г. Корнилов, Н.Н. Юденич.
В 1909 году Николаевскую академию Генерального штаба переименовали в Императорскую Николаевскую военную академию. Шапошников считал, что прежнее название больше отвечало назначению академии, которая в большей степени готовила кадры офицеров именно для Генерального штаба. По-видимому, сработала чья-то теория, принижающая значение самого Генерального штаба. В советское время, кстати, подобное переименование повторилось. В настоящее время её полное наименование – Военная ордена Ленина, Краснознамённая, орденов Суворова и Кутузова академия Генерального штаба Вооружённых сил Российской Федерации.
Возвращение в Туркестанский край
После окончания академии молодой перспективный офицер Б.М. Шапошников вернулся в свой родной Первый Туркестанский стрелковый батальон, который был развёрнут в полк. Здесь он проходил двухгодичное цензовое командование ротой.
Об этом периоде службы мы тоже знаем по его воспоминаниям: «Обучали стрелков взводные унтер офицеры, в большинстве своём толковые и старательные солдаты, понимавшие важность возложенной на них задачи. С рядовыми стрелками я жил в мире». Сказался опыт, полученный ещё в училище, – не накладывать дисциплинарные взыскания, если они не скрывали свои проступки. «Видя, что