31 декабря 1936 года Я. Серебрянский был удостоен ордена Ленина «за особые заслуги в деле борьбы с контрреволюцией».
Тем временем гражданская война в Испании набирала обороты. Военно-политическое руководство Германии, Италии и СССР преследовало каждое свои цели. Стороны стремилась вынести как можно больше пользы из сложившейся ситуации, чтобы сполна реализовать свои политические и военные интересы.
Полномочия А.М. Орлова как представителя НКВД в Испании были весьма широкими. Они распространялись и на разведку, и на контрразведку, и на партизанские операции. Но одной из главных задач было создание тайной полиции по советскому образцу для борьбы с политическими противниками республиканского правительства. Именно эта деятельность А.М. Орлова вызывала недовольство и ненависть в рядах тех, кто при умелой и тонкой игре мог бы стать союзником в борьбе с франкистами.
По утверждениям предателя Кривицкого, в марте 1937 года генерал Берзин направил военному комиссару К. Ворошилову доклад. Берзин сообщал о возмущении и протестах по поводу репрессивных мер НКВД, высказываемых республиканцами. В докладе отмечалось, что агенты НКВД компрометируют свою власть излишним вмешательством во внутренние дела страны и шпионажем в правительственных кругах. Берзин заключал свой доклад требованием немедленного отзыва Орлова из Испании.
Возможно, именно этот доклад Я. Берзина стал впоследствии одним из факторов недовольства руководства НКВД деятельностью Орлова.
В 1937 году Лев Седов, полностью разделявший политические взгляды своего отца (Л.Д. Троцкого), приступил к работе по организации I съезда IV Интернационала, который должен был открыться летом 1938 года в Париже. После получения этой информации в Москве было принято политическое решение о похищении Седова и доставке его в Советский Союз. Возможно, Сталин планировал использовать Седова как заложника при «торге» с Троцким. Подготовка и проведение этой операции были поручены Я. Серебрянскому, находившемуся в тот момент во Франции.
Однако похищение Седова так и не состоялось. В феврале 1938 года он умер после операции по удалению аппендицита. Правда, некоторые историки считают, что Седов был отравлен сотрудниками группы Серебрянского. Документальных подтверждений этому нет.
С учетом испанского опыта летом 1937 года при CГОHе начала работу спецшкола по подготовке разведчиков-нелегалов диверсионного направления. Руководил школой лично Я. Серебрянский. Многие из выпускников