Этот неутомимый путешественник тем не менее любил семью и домашний очаг в 1760 году он женился на молодой девушке дю-Шаролэ. «Знайте, – писал он одному другу, – что, начавши в первый раз собирать растения в этой стране, я нашел там некоторый чувствительный цветок и хочу его поместить не в гербарий, а в брачную комнату». Через два года у него был сын, рождение которого стоило жизни матери.
Коммерсон не замедлил стать знаменитостью. Великий Линней предложил молодому естествоиспытателю описать для шведской королевы самые любопытные экземпляры рыб Средиземного моря. Коммерсон отвечал тем, что сделал одну из важнейших ихтиологических работ XVIII века. Он основал в Монпелье великолепный ботанический сад, познакомился с Лаландом и, сделавшись его другом, вскоре затем принял предложенное ему место натуралиста в кругосветной экспедиции, начальником которой был Бугенвилль.
В ту самую минуту, когда Филибер Коммерсон собирался уезжать, молодой слуга, Баре, по прозванию Боннфуа (чистосердечный), неотлучно бывший при нем в течении двух лет и несколько ознакомившийся с растениями и гербариями, стал умолять его взять его с собой. Коммерсон долго колебался, но наконец, согласился. Год спустя, на Таити, Баре-Боннфуа, пользовавшийся не смотря на свою сдержанность, общей любовью на корабле, встретился с туземцами, которые вдруг закричали: «Это женщина!» Баре-Боннфуа убежал, но случившееся, дошло до ушей Бугенвилля и тогда слуга или, вернее, служанка Коммерсона принуждена была сказать истину:
– Я знала, – оправдывалась она, – каким опасностям я подвергала себя, но я – сирота и полюбила науку.
Баре-Боннфуа осталась верным слугою. Ее простили. Она продолжала исполнять обязанности ассистента при Коммерсоне, который выказал уважение к ней, посвятивши ей новое растение под именем баретии: «Образ Дианы колчаноносицы, – говорил он о ней, – и мудрой и строгой Минервы!»
В Рио-де-Жанейро, в Буэнос-Айресе Коммерсон собрал настоящие богатства. После двадцати одномесячного плавания, проехавши десять тысяч льё со времени своего выезда из Рошфора, он прибыл на Иль-де-Франс, где его удержал известный интендант колонии Пуавр. Французское правительство поручило натуралисту продолжать работы на Мадагаскаре. «Какая удивительная страна! – писал он своему другу Лаланду, – она заслуживает внимания не одного странствующего наблюдателя, но целых академий».
Собравши богатую жатву растительных сокровищ на Мадагаскаре, Коммерсон в 1771 году вернулся на Иль-де-Франс. Он стал приводить в порядок научный материал, собираясь во Францию, чтобы вкусить от плода своих трудов. Академия наук призывала труженика в свои недра, но утомление и чрезмерная деятельность разрушили его здоровье. В день своего избрания в члены Академии Коммерсон был уже мертв. Он умер за неделю до этого на Иль-де-Франсе, 21 марта 1773. За несколько месяцев он чувствовал приближение